| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 1,105,376 | IS2 (–) +5 bp | intergenic (+83/‑34) | csgC → / → ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1105380 | 0 (0.000) | 37 (0.830) | 34/486 | 0.4 | 100% | intergenic (+87/‑34) | csgC/ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
GAAAAGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATATTTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGT > NC_000913/1105135‑1105624 | acgccagagaaataaccggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgcgggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgagtggtaagccgtctgtgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactagcccttatctaagtgatattggttgtctgtagattccgggggccagtctaACCCTCAAgg > 2:317648‑M2/242‑251 (MQ=255) aactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactctcacttatttacgtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACCAATCAtt > 1:193059‑M2/229‑251 (MQ=255) actggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTg > 1:190522‑M2/228‑251 (MQ=255) actggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTg < 2:117338‑M2/24‑1 (MQ=255) 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agattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCaaa > 1:80073‑M2/21‑250 (MQ=255) gattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGCAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATACATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCAGGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGggcaacac > 1:273725‑M2/20‑248 (MQ=255) aaaGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgt > 2:349618‑M1/1‑22 (MQ=255) 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caACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactcc < 1:14084‑M1/251‑245 (MQ=255) | GAAAAGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATATTTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGT > NC_000913/1105135‑1105624 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 34 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |