| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,722,089 | G→A | G276S (GGC→AGC) | ydhJ → | putative membrane fusion protein YdhJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,722,089 | 0 | G | A | 97.9% | 165.4 / NA | 47 | G276S (GGC→AGC) | ydhJ | putative membrane fusion protein YdhJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (19/27); minor base C (1/0); total (20/27) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
GAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGGGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCTCGGCTGCAGTGGTTAGCTTTCCCACCGTTGGC > NC_000913/1721849‑1722306 | gaaACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTg > 2:15268/1‑251 (MQ=255) aGTTGCGCCAAACCCGCGAAGGTGAACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTAGCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCGTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGATGTGCGCTGGATAAAGTCGCATGCGAGGTCACGTGGGTGTCGAGCAGCACATGTAGCAtt < 2:187047/251‑1 (MQ=255) ttGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGc > 2:220820/1‑251 (MQ=255) gcCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTa < 1:109196/251‑1 (MQ=255) 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gTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGc > 1:196844/1‑251 (MQ=255) aCGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGgcgc < 1:208057/251‑1 (MQ=255) gTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGACAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATCAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGCGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCCATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGCGCCACGCTGGCGCa > 1:269171/1‑250 (MQ=255) 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gTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATgtgt > 1:260861/1‑251 (MQ=255) ccTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGc < 1:143779/251‑1 (MQ=255) tCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCtatt < 1:199010/250‑1 (MQ=255) tCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCtatt > 1:396828/1‑250 (MQ=255) ccGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATTCCATTGCCGTGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCtattat < 2:364686/251‑1 (MQ=255) ccTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCGCGTACGCTTTGCGCTAGATAAAGTCCAAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGAATTGCCGAAGGTCAATAATGAAAGCATCGTCATGGACCATGCGCAATTTGCACTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGCTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGAt > 1:207576/1‑251 (MQ=255) ccccTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCt < 2:136042/250‑1 (MQ=255) ggTTCGACTCGCCCAACTCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGAGAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGTTTTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCTTAGGTCAATCATGAACTCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGTCGCATTGGCGTTATGCGTTACTCAATACCATTGGCATGTGACTGGCGCTGACGGTTGCCGATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGc < 1:366065/251‑1 (MQ=255) tCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCAtgtg < 1:77963/197‑1 (MQ=255) tCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCAtgtg > 2:77963/1‑197 (MQ=255) 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aCGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGAAAAAGTCCCAGGCGATGTCCCGTTGGTGTCGAGCACCCCATGTAGCATTGCCGTCGGTCAATACTGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCCTTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAAACTGGATGAACCCTATTGGGGGATGACCTCGGCTgg > 1:396268/1‑250 (MQ=255) cgcgTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCTCGGCTGc > 2:105391/1‑250 (MQ=255) gcgTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCTCGGCTGc > 1:176437/1‑249 (MQ=255) ccGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAAGTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTAGTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCGCGGCTGCAGTGGTTAGCtt < 2:178483/251‑1 (MQ=255) gATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGAGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCTCGGCTGCAGTGGTTAGCTTTCCCACCGTTGGc > 1:282286/1‑251 (MQ=255) | GAAACCAAGTTGCGCCATATCCGCGAAGGTGCACCAGCACAAATTACCCTCTATAGTGATAACAAAACGTTACAGGGTCACGTTTCCAGTATCGGTCGGGCGATTTATGATCAGAGCGTTGAAAGTGACTCAAGCCTTATTCCGGATGTTAAACCTAACGTCCCCTGGGTTCGACTCGCCCAACGCGTTCCCGTCCGCTTTGCGCTGGATAAAGTCCCAGGCGATGTCACGTTGGTGTCGGGCACCACCTGTAGCATTGCCGTAGGTCAATAATGAACGCATCGTCATGGTCCTTGCGCAATTTGCCCTGGTTCAGGGCCACGCTGGCGCAATGGCGTTATGCGTTACGCAATACCATTGCCATGTGTCTGGCGCTGACGGTTGCCTATTATTTAAATCTGGATGAACCCTATTGGGCGATGACCTCGGCTGCAGTGGTTAGCTTTCCCACCGTTGGC > NC_000913/1721849‑1722306 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 26 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |