| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| JC JC | NC_000913 | 1,105,376 | IS2 (–) +5 bp | intergenic (+83/‑34) | csgC → / → ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | = 1105380 | 0 (0.000) | 32 (0.830) | 29/474 | 0.4 | 100% | intergenic (+87/‑34) | csgC/ymdA | curlin chaperone/uncharacterized protein YmdA |
| ? | NC_000913 | 1467910 = | NA (NA) | noncoding (1331/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
AGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATATTTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGTTAATG > NC_000913/1105139‑1105629 | cagagaaataactggatggctgctacaccatgttgcagggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATg > 2:354869‑M2/238‑250 (MQ=255) 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2:95355‑M1/159‑103 (MQ=255) agagaATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctt < 1:214730‑M1/251‑198 (MQ=255) ggTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgtt < 2:55073‑M1/251‑205 (MQ=255) tgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATgg > 1:367508‑M2/38‑251 (MQ=255) tgtctggagattcagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTcc < 2:367508‑M2/223‑1 (MQ=255) cAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgct < 1:337045‑M1/251‑223 (MQ=255) cTGAAAGTATGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattc > 2:30765‑M1/1‑25 (MQ=255) cagggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTAc > 1:37406‑M2/16‑251 (MQ=255) agggggccagtctaACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACt > 1:185866‑M2/15‑251 (MQ=255) tGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcact < 2:107327‑M1/114‑99 (MQ=255) tGGATAACACAACCCTtggatttgcccctatatttccagacatctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcact > 1:107327‑M1/1‑16 (MQ=255) caACCCTtggatttgcccctatctttccagacatctgttctcacttaacccattacaagcccgctgccgaagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactcc > 2:268108‑M1/1‑7 (MQ=255) cTCAAGGATGTCTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGTTAATg > 1:76522/1‑251 (MQ=255) | AGACCCTTTCATTGCCTGCTAATCAACCCATTGCTTTGACGAAGTTGAGTTTAAATATTTCCCCGGACGATCGGGTGAAAATAGTTGTTACTGTTTCTGATGGACAGTCACTTCATTTATCACAACAATGGCCGCCCTCTTCAGAAAAGTCTTAATTTGTTGAAATATCGAGCATAAGATGAATCTGGAGAGAATGGTCTGCTGCGAATCAGCCAACCTGAAAGTATGGATAACACAACCCTCAAGGATGACTAATCATTGAGGAAATAGAATAAATGTTCAGACCTTTTTTAAACTCTCTTATGCTCGGCAGTTTGTTTTTTCCTTTTATTGCCATTGCTGGAAGCACCGTGCAAGGGGGCGTGATCCATTTTTATGGCCAAATTGTGGAACCGGCATGTGACGTCAGCACCCAGTCATCACCCGTAGAAATGAACTGCCCACAGAATGGTTCTATTCCGGGCAAAACCTACTCCAGCAAAGCGTTAATG > NC_000913/1105139‑1105629 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 16 ≤ ATCG/ATCG < 33 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |