| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,003,264 | C→T | E115K (GAA→AAA) | fliC ← | flagellar filament structural protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,003,264 | 0 | C | T | 99.3% | 474.6 / NA | 135 | E115K (GAA→AAA) | fliC | flagellar filament structural protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (49/85); minor base G (0/1); total (49/86) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
GTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACTGGTTCTTGTTGATA > NC_000913/2002969‑2003556 | gTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTcc > 1:560405/1‑300 (MQ=255) aGTGGCTGCTTCCTTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCNGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGNTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGAt < 2:618887/300‑1 (MQ=255) aGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGAt < 1:250608/300‑1 (MQ=255) aGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCGGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGAt < 1:324390/300‑1 (MQ=255) 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aTTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCCGTTCCCGCACACACTGTAAATTGTTGTTGATTTCGAACAACACGCACCCAGTGGTCTGCGCAACAGAAATACCGTTGTTTGCGTTACGGGCCGCCCGAGTCAGGCCTTTAATATTAGAGGTGAAACGGTTCGCAACCAACCGACCCGCTACGTCATCCCTCACGCTGTTAACACACAAACCAAAAGACAAACGCTCGATAGAAATCGAAAgcgta > 1:465627/1‑298 (MQ=255) aTTTCATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCCGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTCATGTTAGAGGTGAAACGGTTCGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCa > 1:901183/1‑300 (MQ=255) cATCCATACGGGATCTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACt < 2:75828/300‑1 (MQ=255) cATCCAGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACt < 1:804726/300‑1 (MQ=255) cAGACGGGATGTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACTGGtt < 2:465846/300‑1 (MQ=255) aGACGGGATTTAATTTTGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACTGGTTc < 1:699394/300‑1 (MQ=255) | GTATCAGTGGCTGCTTCCGTAGAAAGGGTAATTCCAGTAAGTTTAATATTGTTTGTGGTGGTAGCACCAAAAGCAGTTACTGGAGCACTAGTGGTAACTGTATCGTTATTTTTAACGCTAAAACCATCAAGGCCAAGAGTTTTAGCATCAATCTGCTTCAGATCGATAGTGATAGTCTGGTTATCATTTGCGCCAACCTGGATTTTCATGGAGCCATTTTTTGCCAGCACGTTCACGCCGTTGAACTGGGTCTGACCAGATACGCGGTCAATTTCATCCAGACGGGATTTAATTTCGTCCTGGATAGAAGACAGATCAGACTCAGAGTTAGTACCGGTAGTGGCCTGTACCGTCAGTTCACGCACACGCTGTAAGTTGTTGTTGATTTCGGACAGCGCGCCTTCGGTGGTCTGCGCAACGGAGATACCGTCGTTGGCGTTACGGGCCGCCTGAGTCAGGCCTTTAATGTTAGAGGTGAAACGGTTAGCAATCGCCTGACCCGCTGCGTCATCCTTCGCGCTGTTAATACGCAAGCCAGAAGACAGACGCTCGATAGAACTCGACAGCGCAGACTGGTTCTTGTTGATA > NC_000913/2002969‑2003556 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |