| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,503,855 | G→A | E67K (GAA→AAA) | insQ → | putative RNA‑guided DNA endonuclease InsQ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,503,855 | 0 | G | A | 99.1% | 419.9 / NA | 115 | E67K (GAA→AAA) | insQ | putative RNA‑guided DNA endonuclease InsQ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (49/65); minor base C (1/0); total (50/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.35e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
ACAAAGAGCAGGTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAACGATTACAGGCATTTAAATTCCAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTGAAACGCAATGGCTTAAAGATTCTCCCTCACAGCCATTGCAACAGTCACTGAAAGACCTTGAGCGGGCTTACAAAAACTTCTTCCGGAAGCGGGCTGCTTTTCCCCGATTCAAAAAGCGGGGACAGAATGATGCATTCCGCTACCCGCAGGGCGTTAAGCTCGATCAGGAAAACAGCCGTATTTTTCTGCCGAAACTGGGCTGGATGCGCTACCGGAACAGCCGTCAGGTCACGGGTGTTGTGAAAAATGTCACTGTCAGCCAGTCCTGCGGTAAGTGGTACATCAGTATTC > NC_000913/1503564‑1504146 | aCAAAGAGCAGGTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAATGATTACAGGCATTTAAATTCCAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTAAAACGCaa > 2:257620/1‑300 (MQ=255) aaGAGCAGGTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAACGATTACAGGCATTTAAATTCCAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTAAAACGCAATgg > 1:407923/1‑300 (MQ=255) ggTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAACGATTACAGGCATTTAAATTCCAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTAAAACGCAATGGCTTAAAg < 1:479441/300‑1 (MQ=255) gTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAACGATTACAGGCATTTAAATTCGAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTAAAACGCAATGGCTTAAAGa < 1:151163/300‑1 (MQ=255) 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ACAAAGAGCAGGTGAACATGCATCAGGAAAACACAATGCCTTCCACGCCGGATATCGGTTTCTTTTTTCACAGACCAAAGTATCATTTGACCTGTGAAACGATTACAGGCATTTAAATTCCAGTTAAGACCCGGTGGTCAACAGGAGTGTGAAATGAGGCGCTTCGCAGGCGCATGTCGTTTCGTTTTCAATCGTGCTCTGGCACGTCAGAATGAGAATCATGAGGCCGGTAATAAATACATCCCTTACGGGAAAATGGCTTCCTGGCTGGTTGAGTGGAAAAATGCCACTGAAACGCAATGGCTTAAAGATTCTCCCTCACAGCCATTGCAACAGTCACTGAAAGACCTTGAGCGGGCTTACAAAAACTTCTTCCGGAAGCGGGCTGCTTTTCCCCGATTCAAAAAGCGGGGACAGAATGATGCATTCCGCTACCCGCAGGGCGTTAAGCTCGATCAGGAAAACAGCCGTATTTTTCTGCCGAAACTGGGCTGGATGCGCTACCGGAACAGCCGTCAGGTCACGGGTGTTGTGAAAAATGTCACTGTCAGCCAGTCCTGCGGTAAGTGGTACATCAGTATTC > NC_000913/1503564‑1504146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |