| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,268,681 | G→A | G173S (GGC→AGC) | kdsA → | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,268,681 | 0 | G | A | 99.0% | 337.6 / NA | 96 | G173S (GGC→AGC) | kdsA | 3‑deoxy‑D‑manno‑octulosonate 8‑phosphate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (48/47); total (49/47) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGAAGAAGGGATGAAAATCTTCCAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACGAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCGGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAG > NC_000913/1268386‑1268969 | ggAAGAAGGGATGAAAATCTTCCAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACGAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCGGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTa < 1:544002/300‑1 (MQ=255) gaagGGATGAAAATCTTCCAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACGAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCGGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTATGAc < 1:683116/300‑1 (MQ=255) aTCTTCNAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACNAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCTGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTATGACAACCTGGTTGTc < 2:735900/300‑1 (MQ=255) ttCCAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACGAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCGGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTATGACAACCTGGTTGTCGat > 2:69066/1‑300 (MQ=255) 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aaGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCGAAACTGGAAc < 1:893405/300‑1 (MQ=255) agggATTCTTTTCAATCGCGGTGCTAACTTCATCTATGACAGTCTGGTGTTCGATGTGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAATTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCTATCCGTTTGGCACAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACTAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAATATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAAcc < 2:573782/297‑1 (MQ=255) gCGATCGCGGTGCTAACTTCAGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAAGTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGc < 2:763948/300‑1 (MQ=255) gTGCTCACTTCAGCTATGACAACATGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCCGTATTCTGAAGCACGTGTCTTGTCACTCGCCGGTGCTTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCACAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCCGGTGGCTGAGCTGGCAGGAGAAGGTATGGGGGGGGGCCTGGGGGGGCTGTTTCTTGAAGTGTATCCGGATTCGGAACGTGCGAAATGTGATGGTACCTCCGCGTTGCCGGTGGCTAAACTGGAACCGTCCCTCACGTAGATGacag > 2:167922/1‑297 (MQ=255) gTGCTAACTTCAGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGAAGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAg > 1:116060/1‑300 (MQ=255) | GGAAGAAGGGATGAAAATCTTCCAGGAGTTGAAGCAGACTTTTGGCGTGAAAATTATCACCGACGTTCACGAACCAAGTCAGGCACAGCCCGTTGCTGATGTCGTGGATGTGATTCAGTTGCCGGCGTTTCTTGCTCGCCAGACTGACCTGGTTGAAGCCATGGCGAAAACCGGTGCGGTAATTAACGTCAAGAAACCACAGTTTGTCAGCCCGGGACAGATGGGTAATATCGTTGATAAATTCAAAGAAGGCGGCAACGAAAAAGTGATTCTTTGCGATCGCGGTGCTAACTTCGGCTATGACAACCTGGTTGTCGATATGCTGGGCTTCAGCATTATGAAGAAAGTGTCTGGTAACTCGCCGGTGATTTTCGACGTGACCCACGCACTGCAATGCCGCGATCCGTTTGGCGCAGCTTCCGGTGGTCGTCGTGCTCAGGTGGCTGAGCTGGCACGAGCCGGTATGGCGGTAGGTCTGGCGGGGCTGTTTATTGAAGCGCATCCGGATCCGGAACATGCGAAATGTGATGGTCCATCCGCGCTGCCGCTGGCTAAACTGGAACCGTTCCTCAAGCAGATGAAAG > NC_000913/1268386‑1268969 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |