| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 71,134 | G→A | G250S (GGT→AGT) | araC → | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 71,134 | 0 | G | A | 98.3% | 433.5 / NA | 120 | G250S (GGT→AGT) | araC | DNA‑binding transcriptional dual regulator AraC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base A (52/66); total (53/67) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCC > NC_000913/70841‑71422 | cGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTAACAGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCa > 2:242326/1‑300 (MQ=255) tGCTTGAGCAAGTGTTACTGCTGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGtt < 2:140208/300‑1 (MQ=255) gAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GAc > 2:317153/1‑300 (MQ=255) gAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCAAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGCCGCAATGTTGGTTTT‑GAc > 2:7632/1‑300 (MQ=255) gCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGGTAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTAttt > 2:804018/1‑300 (MQ=255) cGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTa > 2:157455/1‑300 (MQ=255) ccatccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGCAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGAGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGc > 2:141879/1‑300 (MQ=255) catccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGcc < 1:325929/300‑1 (MQ=255) atccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGGTCACCTGGCAGACAACAATTTTAATATCGCCAGCATCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACANCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGGGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCNGGCGAAACTGCTTCTG‑AGCACTGCCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTT‑CACAATTAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACAggggaca > 2:722607/1‑297 (MQ=255) atccaCCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCa > 1:67333/1‑300 (MQ=255) 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aCCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGACGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTAGAGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCg > 2:102762/1‑300 (MQ=255) tgCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCaa < 1:344891/299‑1 (MQ=255) ttttGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAAtt < 1:552446/300‑1 (MQ=255) 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cTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCg > 1:368863/1‑300 (MQ=255) aCCCGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGNGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCggt > 1:606960/1‑300 (MQ=255) cGGATGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCggtggt > 2:420623/1‑300 (MQ=255) ggATGCCTATCGCCACCTTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGTGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCGTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGgtggtg < 1:168982/300‑1 (MQ=255) tGCCTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACAATCAACTCTATTTCTCTCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTGATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtg < 2:124954/300‑1 (MQ=255) ccTATCGCCACCGTCAGTCGCAATGTTGGTTNT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGNTGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTtggt > 2:634398/1‑300 (MQ=255) 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CGATAAATCTGCTTGAGCAATTGTTACTGCGGCGCATGGAAGCGATTAACGAGTCGCTCCATCCACCGATGGATAATCGGGTACGCGAGGCTTGTCAGTACATCAGCGATCACCTGGCAGACAGCAATTTTGATATCGCCAGCGTCGCACAGCATGTTTGCTTGTCGCCGTCGCGTCTGTCACATCTTTTCCGCCAGCAGTTAGGGATTAGCGTCTTAAGCTGGCGCGAGGACCAACGCATTAGTCAGGCGAAGCTGCTTTTG‑AGCACTACCCGGATGCCTATCGCCACCGTCGGTCGCAATGTTGGTTTT‑GACGATCAACTCTATTTCTCGCGAGTATTTAAAAAATGCACCGGGGCCAGCCCGAGCGAGTTTCGTGCCGGTTGTGAAGAAAAAGTGAATGATGTAGCCGTCAAGTTGTCATAATTGGTAACGAATCAGACAATTGACGGCTTGACGGAGTAGCATAGGGTTTGCAGAATCCCTGCTTCGTCCATTTGACAGGCACATTATGCAAGCATTGCTGGAACACTTTATTACCCAATCCACCGTGTATTCATTGATGGCGGTGGTGTTGGTGGCC > NC_000913/70841‑71422 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |