| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,242,544 | C→T | noncoding (90/103 nt) | malH ← | small regulatory RNA MalH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,242,544 | 0 | C | T | 99.4% | 634.1 / NA | 177 | noncoding (90/103 nt) | malH | small regulatory RNA MalH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (73/103); total (74/103) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 177 total aligned reads displayed.
TATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGACTCAGAGCACGAAAGAGAATTATCGTAAGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTG‑CAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAGCGCCGAATAACAGTCACAAGTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCGGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTGCCGTCAGGCCGTTGACCAGCCAGCGTTGAGCCAGCAAGAAGACGATGGTGATCGGTAATGCAGACATCACGGCAGCGGCGGCAAAGTCACCCCACAGGTAGTTTTGCGGGTTGAGGTATTGCTGCATCCCCACGGCCAGGGTGTAGCTGTTTACGTCACGCAGTAACAGCGACGCGACCGGAACTTCAG > NC_000913/4242248‑4242834 | ttcattcaGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGACTCAGAGCACGAAAGAGAATTATCGTAAGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTG‑CAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTTCGTgg < 1:255628/300‑1 (MQ=255) 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aTTG‑CAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTTCGTGGAGCGCCAAATAACAGTCACAATTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCTGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTGCCGTCAGGCCGTTGACCAGCCAGCGTTGAGCCAGCAAGAAGACGATGGTGATCGGTAATGCAGACATCACGGCAGCGGCGGCAAAGTCACCCCACAGGTAGTTTTGCGGGTTGAGGTATTGCTGCATCCCCACGGCCAGGGTGTAGCTGTTTACGTCACGCAGTAACAgcg < 2:76093/300‑1 (MQ=255) aaaGGCGCTTCGTGGAGCGCCGAATAACAGTCACAAGTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCGGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTGCCTTCAGGCCGTTGACCAGCCAGCGTTGAGCCAGCAAGAAGACGATGGTGATCGGTAATGCAGACATCACGGCAGCGGCGGCAAAGTCACCCCACAGGTAGTTTTGCGGGTTGAGGTATTGCTGCATCCCCACGGCCAGGGTGTAGCTGTTTACGTCACGCAGTAACAGCGACGCGACCGGAACTTCAg < 1:330238/300‑1 (MQ=255) aaaGGCGCTTCGTGGAGCGCCGAAGAACAGTCACAAGTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCGGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTGCCGTCATGCCGTTGACCAGCCAGCGTTGAGCCAGCAAGAAGACGATGGTGATCGGTAATGCAGANATCACGGCAGCGGCGGCAAAGTCACCCCACAGGTAGTTTTGCGGGTTGAGGTATTGCTGCATCCCCACGGCCAGGGTGTAGCTGTTTACGTCNCGCAGTAACAGCGACGCGACCGGAACTTCAg < 2:636044/300‑1 (MQ=255) | TATTCATTCAGACCTGCCTTAGACCATTCTGATCTTTTATCAGTGCATTGATGTTGGAATTGTCAGGCAGTTAAGGCAATTATCATTTTTTACAATGCGTTTACGTAATGTCTTTTCTGTGATCTTAATTGTGATAATTATCCAAAATTGATAAAAACAATACTATTGCCGTGACTCAGAGCACGAAAGAGAATTATCGTAAGTGGGAAAACAAATAACGTAAAAATAATAAGCTCTATGATGGAAATATTAACCGGCGAACGATTCAGATTG‑CAGACGAAAGAAAAAAAGGCGCTCCGTGGAGCGCCGAATAACAGTCACAAGTTGGGATAACGTAAGTTGAGGGTGCAGCGGCATAACATTGGCAGAACAACATCTTTAACCTTTCACACCACCTGCCGTCAGGCCGTTGACCAGCCAGCGTTGAGCCAGCAAGAAGACGATGGTGATCGGTAATGCAGACATCACGGCAGCGGCGGCAAAGTCACCCCACAGGTAGTTTTGCGGGTTGAGGTATTGCTGCATCCCCACGGCCAGGGTGTAGCTGTTTACGTCACGCAGTAACAGCGACGCGACCGGAACTTCAG > NC_000913/4242248‑4242834 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |