| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,222,312 | C→T | G59D (GGT→GAT) | arpA ← | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,222,312 | 0 | C | T | 99.5% | 660.3 / NA | 185 | G59D (GGT→GAT) | arpA | regulator of acetyl CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (89/95); total (90/95) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 185 total aligned reads displayed.
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aaaGATATGACGATCATTTTGTCTACAGTTCTCTGAGAAGCTTTTTAATAGAGGCGTCGCCAGCTCCTTGCCAGAAAATTTATCCTCGAGTTCTTTATAAAACAATTCACTCAGGGTTTGGTGTTCATTTGTCTGGGCTGTATTATTAATATTTGCATAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGc < 2:191498/300‑1 (MQ=255) aGATATGACGATCATTTTGTCTACAGTTCTCTGAGAAGCTTTTTAATAGAGGCGTCGCCAGCTCCTTGCCAGAAAATTTATCCTCGAGTTCTTTATAAAACAATTCACTCAGGGTTTGGTGTTCATTTGTCTGGGCTGTATTATTAATATTTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAg > 1:221955/1‑300 (MQ=255) tatGACGATCATTTTGTCTACAGTTCTCTGAGAAGCTTTTTAATAGAGGCGTCGCCAGCTCCTTGCCAGAAAATTTATCCTCGAGTTCTTTATAAAACAATTCACTCAGGGTTTGGTGTTCATTTGTCTGGGCTGTATTATTAATATTTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCg < 2:575760/300‑1 (MQ=255) | GTCGGCATACTATACGGTTTTGGGGTCGCCCCGGAAAATAACATTGACCATTAAGTTTAATTCTTGGGAATTCTTTTTCTTTTCTATCTGATTTTAGGTTTAATTCTTGTTTATCAAGAGTGTCTGAGCGTTGAGGTAAAATTTCCATTAGGTATTTTTCAAATATTGGGGCAATGGTTTGAGTAAGTGTCGTGTTTTCGTTTTTATTAATTATCGTAATTTCTTTCTTATCAGCTTGTAAGACGGACGTGGAAAATTTAATGACAAAATCCTTGTTGCTAAAGATATGACGACCATTTTGTCTACAGTTCTCTGAGAAGCTTTTTAATAGAGGCGTCGCCAGCTCCTTGCCAGAAAATTTATCCTCGAGTTCTTTATAAAACAATTCACTCAGGGTTTGGTGTTCATTTGTCTGGGCTGTATTATTAATATTTGCAGAGAAAGAACTACGAGGAATACGAGTAATCATTTAAATATCTCATTGTTTATTGATGTCTTGAATTTTAACTATCAGAACAGTGAAAAAATTTAATATGATTACAACTAAAGAAATATCATAAATCGCTCAATCTCATAATGCAGCCG > NC_000913/4222019‑4222603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |