| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,882,303 | G→A | A112V (GCC→GTC) | casB ← | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,882,303 | 0 | G | A | 99.3% | 473.8 / NA | 136 | A112V (GCC→GTC) | casB | type I‑E CRISPR system Cascade subunit CasB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (64/71); minor base C (1/0); total (65/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.78e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 136 total aligned reads displayed.
GTTTAAGGCTTTGACTTGAAATTCTTACTCGTCTTTTGCCGCCGAAAATAGCGTCTTTCTGCATGTTCATATCGTCGCGGTTCAGACATGAAGGGCTGTGAGAGATCAGAACATGAATATTGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTGTTGCCA > NC_000913/2882007‑2882598 | gTTTAAGGCTTTGACTTGAAATTCTTACTCGTCTTTTGCCGCCGAAAATAGCGTCTTTCTGCATGTTCATATCGTCGCGGTTCAGACATGAAGGGCTGTGAGAGATCAGAACATGAATATTGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCACGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAGTCGACGTAACTGGACCATATCGACTg > 2:437044/1‑300 (MQ=255) 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ggACCATATCGACTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAgtt > 2:813756/1‑300 (MQ=255) ggACCATATCGACTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCAAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTTACACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATTCAgtt > 2:337352/1‑300 (MQ=255) gACCATATCGACTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAgttg < 1:459441/300‑1 (MQ=255) cATATCGACTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGGTAATNCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCGACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGttgttg < 2:658505/300‑1 (MQ=255) tatCGACTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACTAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATNCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTGTTGcc < 2:205589/300‑1 (MQ=255) tatCGACTGTTCTGTCAGCCCGAAGTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTGTTGcc < 2:529882/300‑1 (MQ=255) | GTTTAAGGCTTTGACTTGAAATTCTTACTCGTCTTTTGCCGCCGAAAATAGCGTCTTTCTGCATGTTCATATCGTCGCGGTTCAGACATGAAGGGCTGTGAGAGATCAGAACATGAATATTGATAAAGTTAGACATAGAAAGGTTTCCTTACGCATTTTTGTTTGTGGTCAATACAAAATCTTCCAGAAGTTGCTGGCGTTCGCGCTTTCCCCACCAGGTCAACATCCTGGCCATTAATGGCCAGTCAAGTACGGGTTCGGCGTGAGTAAGTAATCGACGTAACTGGACCATATCGGCTGTTCTGTCAGCCCGAATTAATTGAAAGATACGGCGCTCGTTAATTCTTCCACTATTGGCTAAAGCTCTTCCCAACGAGATACCTGTTGTTTGCTCCGATTTTTTGTCCTGATGTCGGATGACATTCTTTCCTGCGCTCAGGCAAAACACCATGCGCAAAAGAGCCTGCTGGTGACGTGGGTTTTCCCAACCAAAAGGTTGCACCAGCCTATAAAACGCAGGGATATCGCGTAATTCATCAGGTTCTGAAACACGTCTAATTTGCGCACATGATCCATTATCCAGTTGTTGCCA > NC_000913/2882007‑2882598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |