| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 2,799,156 | G→A | intergenic (‑661/‑8) | stpA ← / → alaE | DNA‑binding transcriptional repressor StpA with RNA chaperone activity/L‑alanine exporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,799,156 | 0 | G | A | 99.2% | 420.5 / NA | 117 | intergenic (‑661/‑8) | stpA/alaE | DNA‑binding transcriptional repressor StpA with RNA chaperone activity/L‑alanine exporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (53/63); minor base C (1/0); total (54/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
CCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAGCATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGGTATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTATGTGACGTTCCAGTCACCGGTGTAT > NC_000913/2798862‑2799451 | ccGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAACATTa > 1:806100/1‑300 (MQ=255) 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cATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCt < 1:343005/300‑1 (MQ=255) aCATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTAtgt < 1:454994/300‑1 (MQ=255) aCATCCCACTACGCTGTTATTAAGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCTGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTAtgt < 2:347386/300‑1 (MQ=255) cccATTACGCTTTTATTAAGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCATTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGACACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTATGTGACg < 1:292201/300‑1 (MQ=255) gCTTTTATTAAGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCATTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTATGTGACGTTCCAGTc < 1:436240/300‑1 (MQ=255) aGGAACATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGATATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTATGTGACGTTCCAGTCACCGGTGTAt < 1:94916/300‑1 (MQ=255) | CCGAATTCTCTACGCTTATAGCGTTACCTCACCCCCAAACTTTCATTAGTGATATTAAAGGTAAGGCCATATCTAATTGATTTAATTAAAAATAAATCATATCGGCATGTAAAAATCCACAATGTACAAAAAACGAGCCGTTACGGAATATTTTATCTACAAAAACTGACTAAATAAAAATTTTTCACTAATTGATTAGTCATAGCCAGCGATATACGCTATGCGAAAATGCAGATGGCAATGAGATCCACTGCTTTCATCTCCATTAACATCCCATTACGCTTTTATTAAGGAGCATTAGCATGTTCTCACCGCAGTCACGCTTGCGTCATGCAGTTGCAGATACGTTCGCGATGGTTGTTTACTGTTCTGTCGTGAACATGTGTATTGAAGTTTTCCTCTCCGGAATGAGCTTCGAACAGTCTTTTTATTCCAGATTGGTAGCGATTCCGGTGAACATCTTAATTGCATGGCCATACGGTATGTACCGTGATCTGTTTATGCGCGCGGCACGCAAAGTTAGCCCGTCGGGCTGGATAAAAAATCTGGCGGATATCCTGGCTTATGTGACGTTCCAGTCACCGGTGTAT > NC_000913/2798862‑2799451 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |