| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,382,970 | C→T | P110S (CCT→TCT) | epmA → | EF‑P‑lysine lysyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,382,970 | 0 | C | T | 99.0% | 361.1 / ‑4.7 | 100 | P110S (CCT→TCT) | epmA | EF‑P‑lysine lysyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (42/57); total (42/58) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.95e-01 | |||||||||||
Only 100 of 101 total aligned reads displayed.
CATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCGCGGCGATTATGGCGGAGATCCGTCGTTTCTTTGCCGATCGTGGAGTGCTGGAGGTGGAGACGCCTTGTATGAGCCAGGCGACGGTAACCGATATTCATTTGGTCCCGTTTGAGACACGTTTCGTTGGCCCCGGGCATTCGCAGGGGATGAATCTCTGGTTAATGACCAGCCCGGAATACCATATGAAACGCCTGCTGGTTGCCGGTTGTGGGCCGGTATTCCAGCTGTGCCGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAATTGCTGTTTACCTTTGGCGTAGAGCCA > NC_000913/4382674‑4383248 | cATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCGCGGCGATTATGGCGGAGATCCGTCGTTTCTTTGCCGATCGTGGAGTGCTGGAGGTGGAGACGCCTTGTATGAGCCAGGCGACGGTAACCGATATTCATTTGGTCCCGTTTGAGACACGTTTCGTTGGCCCCGGGCATTCGCAGGGGATGAATCTCTGGTTAATGACCAGCCCGGAATACCATATGAAACGCCTGCTGGTTGCCGGTTGTGGGCCGGTATTCCAGCTGTGCCGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACTCTg > 2:284932/1‑300 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gTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACTCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAATTGCTGTTTACCTTTGGCg > 2:513211/1‑300 (MQ=255) aaGAGATTGGGCGTTATCACAACTCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAATTGCTGTTTACCTTTGGCGTAGAGc < 2:786804/300‑1 (MQ=255) gagaTGGGGCGTTATCACAACTCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAATTGCTGTTTACCTTTGGCGTAGAGCCa > 1:154669/1‑300 (MQ=255) | CATCCATTCCTAACTTATTAAAACGCGCGGCGATTATGGCGGAGATCCGTCGTTTCTTTGCCGATCGTGGAGTGCTGGAGGTGGAGACGCCTTGTATGAGCCAGGCGACGGTAACCGATATTCATTTGGTCCCGTTTGAGACACGTTTCGTTGGCCCCGGGCATTCGCAGGGGATGAATCTCTGGTTAATGACCAGCCCGGAATACCATATGAAACGCCTGCTGGTTGCCGGTTGTGGGCCGGTATTCCAGCTGTGCCGCAGCTTCCGTAATGAAGAGATGGGGCGTTATCACAACCCTGAGTTCACTATGCTGGAGTGGTATCGACCGCACTATGATATGTACCGGTTGATGAACGAGGTGGACGATCTCTTACAACAGGTGCTGGACTGCCCGGCAGCAGAAAGCCTTTCTTATCAACAAGCTTTCTTGCGTTATCTGGAAATTGACCCGCTCTCTGCCGACAAAACGCAACTGCGGGAAGTCGCAGCGAAACTGGATTTGAGCAATGTTGCTGATACCGAAGAAGACCGCGACACGCTGCTACAATTGCTGTTTACCTTTGGCGTAGAGCCA > NC_000913/4382674‑4383248 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |