| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,319,494 | C→T | G38D (GGC→GAC) | phnJ ← | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnJ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,319,494 | 0 | C | T | 98.4% | 224.7 / NA | 64 | G38D (GGC→GAC) | phnJ | carbon‑phosphorus lyase core complex subunit PhnJ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (32/31); minor base G (0/1); total (32/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGCCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGATGGCGCGGCGGATCATGCGTTTGGTCTGCTCGTCGAGGTAGGCAAAGTTGTAGCCGCTCAGATTAGCCATGGTTCTGCTCCTGTTGCAGACGTTTGAGTAGCTCCAGTTCGGCCTGGAAATCGACGTAGTGGGGGAGTTTGAGGTGTGAGACAAAGCCTGCGGCTTCGACGTTGTCGGCATGTGCCAGCACGAACTCTTCATCCTGCGCCGGGCCTGTCGCGTGCTCGCCGTACTCCGGGGCT > NC_000913/4319204‑4319779 | cGATAAAGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGTCAAACGGCa > 1:43610/1‑300 (MQ=255) aGCGCAGCGGCTCGGGGATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGTCAAACGGCACCTGAt < 1:311615/300‑1 (MQ=255) gATTGGCACCTGGAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGTCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCAc > 2:508563/1‑300 (MQ=255) gAAGATAATTATCTGATCTTCGGTCAGCGGCGTTTCGGGGATGCGGTGACGCGTCTGGATAACCGTCGCATCGTCCGTACGTTCCGTGGTGTTTACCCCGGTCACGCGCTTGAAGAAGTTGCGAATCGACACGGCGTTGGTGGTGTCATCCGCGCCCTGGTCAATCACCTTCAGCACGTCGCTTTCGCCAATCACGCTGGCGGTAAGCTGAATGCCGCCGGTTCCCCAGCCGTACGGCATCGGCATCTCGCGCCCGTCAAACGGCACCTGATAACCGGGGATCGCCACCGCTTTTAAGAt < 1:386337/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |