| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,290,944 | G→A | V157M (GTG→ATG) | nrfD → | putative menaquinol‑cytochrome c reductase subunit NrfD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,290,944 | 0 | G | A | 97.3% | 253.5 / ‑5.5 | 76 | V157M (GTG→ATG) | nrfD | putative menaquinol‑cytochrome c reductase subunit NrfD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base A (41/32); total (44/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.04e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GGGCGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAAAGGTTCTGAGCCTGCTGACGCCCGTTCATCGCGGACTGGAAACATTGATGCTGGTGCTGGCGGTGTTGTTGGGGGCTTATACCGGCTTTCTGCTGTCGGCGCTGAAATCGTATCCGTTCCTCAATAACCCGATCCTGCCGGTGCTGTTCCTCTTCTCCGGCATCTCGTCCGGTGCGGCGGTGGCGCTGATCGCCATGGCGATACGCCAACGCAGTAACCCGCATTCCACGGAAGCGCAGTTTGTACACCGTATGGAAATCCCTGTGGTATGGGGTGAAATCTTCCTGCTGGTGGCGTTTTTTGTCGGTCTGGCGCTGGGCGATGACGGTAAAGTTCGTGCGCTGGTGGCGGCATTAG > NC_000913/4290658‑4291238 | gggcGCGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAAAGGTTCTGAGCCTGCTGACGCCCGTTCATCGCGGACTGGAAACATTGATGCTGGTGCTGGCGATGTTGTTGGGGGc > 1:616551/1‑300 (MQ=255) gcgcGGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAAAGGTTCTGAGCCTGCTGACGCCCGTTCATCGCGGACTGGAAACATTGATGCTGGTGCTGGCGATGTTGTTGGGGGCtt > 1:816351/1‑300 (MQ=255) cgGTGATCCTCGGTCTGTTGATCCTCGTCTTCCACCTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATNATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAAAGGTTCTGAGCCTGCTGAAGCCCGTTCATCGCGGACTGGACACATTGATGCTGGTGCTGGTGGTGTTGTTGGGGGCTtata > 2:189641/1‑300 (MQ=255) ccTGACAAGACCGTGGACCTTCTGGAAGCTGATGTTCCACTACAGTTTTACCTCGGTGATGTCGATGGGGGTGATGCTGTTTCAGCTCTACATGGTGGTGCTGGTGCTGTGGCTGGCGAAAATCTTTGAACATGATTTGCTTGCCCTGCAACAACGCTGGTTGCCGAAGCTGGGGATCGTGCAAAAGGTTCTGAGCCTGCTGACGCCCGTTCATCGCGGACTGGAAACATTGATGCTGGTGCTGGCGATGTTGTTGGGGGCTTATACCGGCTTTCTGCTGTCGGCGCTGAAATCGTATcc > 1:783890/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |