| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,250,729 | C→T | intergenic (+255/‑1777) | malM → / → ubiC | maltose regulon periplasmic protein/chorismate lyase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,250,729 | 0 | C | T | 99.4% | 563.8 / NA | 153 | intergenic (+255/‑1777) | malM/ubiC | maltose regulon periplasmic protein/chorismate lyase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (78/74); total (78/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 156 total aligned reads displayed.
GCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAACGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATGCGCAGGGGTATATCGACC > NC_000913/4250433‑4251018 | gCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTggtggc > 1:364482/1‑300 (MQ=255) 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GCCCGTTCCACCTTTATCAGCAGTGTAAAAGGCAAGGGGTAATTACGCCCCACAGTGCTGATTTTGCAACAACTGGTGCGTCTCCTGGCGCACCTTTTTTTATGCTTCCTTCCTGGGATATGAGCGATTTTTTATAGTAACTCACTTCTTCTTCACTAAGAATATCCATTATCTCAATGCCTTATCAGAGATTCTTTTCCTTTCGCCGGTAGTGTCTGGACATTCAGGCTACTTTTCCAGGTTATTTTATTTCTGTTATGCAGAGGTTTTATGATAAGTCATATCCTAAATTCTGGCGGCAATAACTCTTTGATGAAACATGATGTGGTGCAAGGAAATAATATAGTAGATCTTGATTTACTACGTAATTTAAATGGGGTGCCAGGTTTAAACAGAGATAACTTTATTTATATCAGCAATATTTTTTCAAATATAAAACAACGGAACGAAAAAATCATGCAATAAATATGTTTCGTGAAGTCTCAATCAGTAATGATACTATAAGTGTAAAATTCTACAGAAATGAAAAAAATTGAATGCGCTTGCAATTTTCTGATGGATAAAGATGCGCAGGGGTATATCGACC > NC_000913/4250433‑4251018 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |