| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780629 | 89 (0.880) | 5 (0.070) | 5/446 | 7.3 | 7.9% | noncoding (76/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 780919 = | 50 (0.660) | intergenic (+1/‑149) | lysW/valZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTG‑CATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGT‑CGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTG > NC_000913/780620‑781210 | cgagctaccaGTCGCTAGGGTGGGATCGGTAGGAAAACGGGAGGGATAAC‑TCGACATGAGAAACGGCCCGAGGGGAGAAACCGAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTGATTGTGCTATCTAGCAGAGTATCGGGTGATTAGTTCAGCGGTTAGAACACCTCCCTTACAATGAGGGGGGCGGCGGTTCGAGCCAGCCGTCACCCACCAC‑CGGGT‑CGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:155419/294‑1 (MQ=9) aCCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTG‑CATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGT‑AGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGCCTTTTAATCACTTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGt > 2:800673/1‑300 (MQ=255) aCCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTG‑CATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGT‑CGTTCGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTTGAATCCTGCACGACCCACCAGtt > 1:792627/1‑300 (MQ=255) accaATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTG‑CATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGT‑CGTTAGCTCAGTTGGTCGAGTAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCCGCACGACCCACCAGTTTTaa > 2:221817/1‑300 (MQ=255) 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acccaccAC‑CGGGT‑CGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCCTCCTGCACGACCCACCACTACTGACGGTGGGGGCGGTGGCGGTAGTTTGTAGTATCCGACGCAGTATCGAGTGAGTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTATAAGGAGGGGGtaggaggtgtgataccgtc > 1:59309/1‑282 (MQ=18) tt‑CGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTGTTAATCAATTGTTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCTAAGACAGATGTGAAGCGTTGAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCcaccac < 1:33082/299‑1 (MQ=255) gtggtttgtaatagatgggtcgtaagtgcGAATCCGGCACGACCCACCCGTTGCAACATCAAAGACATATAGTAAGCGGGTAGGATAACGCTGCGGCAGCAACGGCCCATAGGGCGAGAGAAGCGAGTCAGCCTGCACGATCTACAACCAATGACGGTGGGTGCGATAGGAGTAGGTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTaga < 2:534505/272‑1 (MQ=12) gACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTATGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGc < 1:274832/300‑1 (MQ=255) gACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATAATGCACTACCCACCAGTTTCAACATCGAAAACATCTGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCATCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTACACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGGAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGGGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCCTACAAGGAGGGGGTCGGCGGGTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGc < 1:274401/300‑1 (MQ=37) aTCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGCTCCCGTCATCAACCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGt > 1:541372/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |