| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,051,393 | C→T | intergenic (‑218/‑68) | cspH ← / → cspG | CspA family protein CspH/cold shock protein CspG |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,051,393 | 0 | C | T | 98.2% | 398.3 / 1.0 | 113 | intergenic (‑218/‑68) | cspH/cspG | CspA family protein CspH/cold shock protein CspG |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (50/60); minor base . (1/1); total (51/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.47e-01 | |||||||||||
Only 100 of 114 total aligned reads displayed.
CCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTA > NC_000913/1051099‑1051687 | ccGTCGGATGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCTTGAac < 2:110817/300‑1 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tcttTTGAGTCTCTCTCTTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATTAAGGAAGTAAAATATGCCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCTTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAGCGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAgg < 2:467594/300‑1 (MQ=255) tcttTTGAGTCTCTCTCTTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAgg < 1:131452/300‑1 (MQ=255) cttTTGAGTCTCTCTCTTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGt < 2:728163/300‑1 (MQ=255) 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CCGTCGGAGGGGATAATGAATCCTTTGCCGCTTTTGCGATCAAAGGTTTTGACAATTCCTGTCATTTTACGGGACAAACAAATTCCTTACTGAAAATACTGCGCTGCACTATACGGGGTTAATAAAATAAAGCCAGCGATATTTAAGACCGCCGGACGGCTAAAATAAAATTTGCTTAATCTCAATTATCATGCGTTAATAGCTGCGTCGGTTTGAAAGACAGACAGCATACAAAGTAGTTTACTAAAGCAGTTCTCATTATCAGGCATTATCCCCTTCTTTTGAGTCTCTCTCCTGAACACTAAGTAGTTTCTGTATTAAAGCCCTGTTTGCCGAAAGGCCCAAAATGAAGGAAGTAAAATATGTCTAATAAAATGACTGGTTTAGTAAAATGGTTTAACGCAGATAAAGGTTTTGGCTTTATCACTCCTGATGATGGCAGCAAAGACGTTTTCGTCCATTTCACCGCCATCCAGAGCAATGAATTCCGCACGCTGAACGAAAATCAGAAAGTTGAATTTTCTATTGAGCAGGGGCAACGTGGCCCCGCGGCAGCGAACGTTGTTACGCTCTAAGGTTGCCATTATTA > NC_000913/1051099‑1051687 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |