| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653419 | 81 (0.820) | 12 (0.130) | 10/548 | 4.4 | 13.7% | noncoding (37/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653746 = | 77 (0.850) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGT > NC_000913/2653447‑2654042 | cTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAGTTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAACACAAAAAAACGCCAAAA‑TCAGGCGGTGTTTCGTTGCTGGTCCGGTTCACGGCCTTTCCCGCAGGTTGt > 2:46107/1‑300 (MQ=255)cTTCACAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACCCCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGNCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCNGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGAAGGTTGt > 2:628962/1‑300 (MQ=255) tCACAGCAAAACAACACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTGTTGTTTATTTAGCGGATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAGACATGTAAAGTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTAt < 2:334837/300‑1 (MQ=255) cacaGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCTGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCGGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTAtt < 1:675621/300‑1 (MQ=255) 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aTACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATg > 1:685537/1‑300 (MQ=255) cTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTCTTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTCTTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAACAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAACTTCACTTTCCTTT‑CAAACACCCAAAACCTCCAAAC‑TCAGGTGTTTTTTTGTTGCTTGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATACaa > 2:619358/1‑300 (MQ=255) cACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgc > 1:795694/1‑300 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:804567/300‑1 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTCTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTCATTTAGCTGGTTATCGACACCGGCCCTGTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCGTATTAGTCCGAATGCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCTGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCTCCAAAA‑TCATGCGGTTTTTTGTTGCGGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGGAGTAATGCAAgcg < 2:325839/300‑1 (MQ=255) aCTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAAACGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCa > 1:284556/1‑300 (MQ=255) tctctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTAGTTAGCGTATTATCGANACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACAAAAAACCGCCAAAA‑TCATGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGTTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGc < 2:603599/300‑1 (MQ=255) tctctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTAGTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATGAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTT‑AAAAAACGAAAAACCGCCAAAA‑TCAGGCGGTTTTTTGTTGCTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGc < 1:739664/300‑1 (MQ=255) cccctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGTCCCTTTCCGCTGTGTTCGGTAATAAAATAACTTGGCTTAGTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAGAAGATATGACGTAAACATGGAAATTCACTTTCCTTT‑GAAAAACAAAAAGCCGCCAGAA‑TCATGCGGTTTTTTGTTGCTGGGCCGGTTCGCGGCCTTTTCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGc < 2:262713/297‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |