| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2466384 | 81 (0.820) | 14 (0.150) | 12/566 | 4.0 | 12.9% | intergenic (+1/‑161) | argW/intS | tRNA‑Arg/prophage CPS‑53 integrase |
| ? | NC_000913 | 2476600 = | 112 (1.200) | intergenic (+90/+94) | torI/dsdC | prophage CPS‑53 recombination directionality factor and response regulator inhibitor/DNA‑binding transcriptional dual regulator DsdC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGAACATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCTGAATATCAAGCATTCCGTAGATTTACAGTTCGTCATGGTTCGCTTCAGATCGTTGACAGCCGCACTCCATGACGGGTAAAAAGTGGATAAAATAATTTTACCCACCGGATTTTTACCCATGCTCACCGTTAAGCAGATTGAAGCAGCAAAGCCGAAAGAAAAACCATACCGCCTTCTCGATGGTAATGGCCTGTACCTTTATGTCCCTGTGTCAGGGAAAAAGGTATGGCAGCTTCGCTACAAGATTGACGGTA > NC_000913/2466087‑2466680 | gggAACATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCATAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCAttt > 1:62673/1‑300 (MQ=255) gAACATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGNTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAANATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACAACATTTAt > 2:560217/1‑300 (MQ=255) aaCATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGATTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAAACCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAGATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATc < 2:71568/300‑1 (MQ=255) aaCATCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATc < 1:147338/300‑1 (MQ=255) aTCTGCGGCGGCACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCAtccttgtgt < 1:405483/300‑9 (MQ=255) gcggcACCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAANAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTACATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTcc < 1:587858/300‑1 (MQ=255) aCCTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATNCTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATcc > 1:563462/1‑300 (MQ=255) ccTTTATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACGCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTCATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCg > 1:726273/1‑300 (MQ=255) ttATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTAc < 1:719143/300‑1 (MQ=255) tATCTTCGCGTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTAcc < 2:771789/300‑1 (MQ=255) tCTTCGCGTTAATTAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAGTAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAg < 2:117871/300‑1 (MQ=255) gcgTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTCCCAGTCCGc > 2:450278/1‑300 (MQ=255) gcgTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGc > 1:24179/1‑300 (MQ=255) gcgTTAATGAGTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCACCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGc > 1:628297/1‑300 (MQ=255) gTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCt > 1:387972/1‑300 (MQ=255) gTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTACTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCt > 2:373296/1‑300 (MQ=255) gTCATGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCATCCTAAGAGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCt > 2:509649/1‑300 (MQ=255) gTCATGCACAGATTCGTAACGAAATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCACTACTAAGGGATAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCt > 2:348326/1‑300 (MQ=255) aTGCACAGATTCGTAACGACATGAGCAATAAGCGTAAAGCAGAAGCACGCCAAAAAGCAGAACGTGCGGAAAACATTAAGAAAAATTATAAAAACCCGGCATAAATGGCGAGGGTTTAAGCAATCGAGCGGCAGCGTACTTACCCCGCACTCCATTAGCGGGTATACTCATGCCGCATTGTCCTCTTAGTTAAATGGATATAACGAGCCCCTCCTAAGGGCTAATTGCAGGTTCGATTCCTGCAGGGGACACCATTTATCAGTTCGCTCCCATCCGTACCAGTCCGCAAAATCCCCTGaa > 1:487360/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |