| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 3648146 | 147 (1.420) | 8 (0.100) | 8/482 | 6.2 | 6.8% | intergenic (+2/‑148) | agrA/agrB | small RNA AgrA/small regulatory RNA AgrB |
| ? | NC_000913 | 3648378 = | 100 (1.200) | intergenic (+3/‑150) | agrB/arsR | small regulatory RNA AgrB/DNA‑binding transcriptional repressor ArsR | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
TCTCATTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTC > NC_000913/3647856‑3648441 | tctcATTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGCCCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTCTAAGTATGGTATTAGCATTGATGCATTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTAAGGGCTGGAAAGTAAAAAAACGACGCAAAGCCGGTTTTTTTACATCCGGAtt > 2:158694/1‑300 (MQ=255) aGAACTCTCTCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAat < 2:470428/300‑1 (MQ=255) gAACTCTCTCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAata > 1:333957/1‑300 (MQ=255) ctctctCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACATAG‑CTTAACATGa > 2:738900/1‑300 (MQ=255) ctctcACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCACTGCCAAAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACg > 1:479108/1‑300 (MQ=255) ctctcACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACNTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAANCCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACg > 2:771922/1‑300 (MQ=255) tttcacttctgCCAGAGCATCAATTGACTGCACCACCCGTACTTCTTACCAGGACTTTGGAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGGGTGAAAACGCCTCAGAGCTAACTTGATAATCATACAGTGCATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGa < 2:68257/290‑1 (MQ=38) tctcACTCCGGCTAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACGTCTGACCACGACTTCGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAGAGGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACGTACAGGTTAGAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATTGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CCTAATGTGACGa < 2:68416/300‑1 (MQ=38) tctcACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGANTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAANACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGa < 2:757413/300‑1 (MQ=255) tctcACTCCGGCCAGAGCATCAGGTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGTTTNTAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATAGTATTAGCATTGATGCGGTAGATTATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACAGCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGa < 2:193406/300‑1 (MQ=255) aCTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGAc < 1:686883/300‑1 (MQ=255) gagCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGACGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCAACAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACACGA‑CTTCACATGACGATGACCCCGTGaacg > 2:138468/1‑298 (MQ=255) gCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGta < 1:14506/300‑1 (MQ=255) tCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGtatat > 1:368965/1‑300 (MQ=255) gTTAAGGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTAAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGTATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTAACTCCAGTCAAAGCCACCAACTAAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCAAAGCCAAGTCGGTTCTTTTAAATCCGGATTCGGA‑AAGAACTTAATATGAAGAtacaacagcaaaagtatataaa > 1:52100/1‑279 (MQ=255) gTTAACGGCACCACCCTTGCGTCTGACCAGGACTTTGAAAACGTGTATGCGCATTGCCAGATTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACGGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCAGTTGTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGtatatagg < 2:20973/300‑3 (MQ=255) 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cTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGNTGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGNCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATAc < 2:569138/300‑1 (MQ=255) cTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGCGAAAGTATATAAATCGTCAATGCGATATATAc > 2:215621/1‑300 (MQ=255) ttCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATAcc < 1:815317/300‑1 (MQ=255) 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gTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTTCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAAACGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTAtt > 1:725361/1‑300 (MQ=255) gTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAGTTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCt < 1:694187/300‑1 (MQ=255) tgtACATCCGGACTCAGACAATG‑CTGAATATTACGATGACCCAGTGAAAATATATAAAGCGTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAAGCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACGTGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAATTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTGCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCctc < 2:51778/298‑1 (MQ=38) | TCTCATTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCGGCCAGAGCATCAGTTAACGGCACCACCCGTACTTCTGACCAGGACTTTGAAAGCGTTTATGCGCATTGCCAGAGTGAAAATGCCTCAGAGCTAACTGGATAATCATACAGTACATGCAGGTTATAAAACCAGCACGTCCTTGCAATAGTTTCAGTATGGTATTAGCATTGATGCGTTAGATGATGGCTATCTCACTCCAGTCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACATCCGGATTCGGACAAGG‑CTTAATATGACGATGACCCAGTGAAAGTATATAAATCGTCACTGCGATATATACCGAAGTGCTCCCTCCGCCAGCTGAAGAAATCGCTAATTCTTGCAATGTTAGCCACTGGCTAATAGTATTGAGCTGTTAGATAAGAACTCTCTCACTCCAGCCAGAGCCACCAACTCAGGGCTGGAAAGTAAAAAACCGACGCAAAGTCGGTTTTTTTACGTCCTGATTCAGACCTCCTTTCAAATGAATAGCCAACTCAAAATTCACACCTATTACCTTCCTC > NC_000913/3647856‑3648441 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |