| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,164,123 | C→G | A162G (GCA→GGA) | btuB → | cobalamin outer membrane transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,164,123 | 0 | C | G | 99.2% | 473.9 / NA | 125 | A162G (GCA→GGA) | btuB | cobalamin outer membrane transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (65/59); minor base T (0/1); total (65/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.80e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GCCGTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGCAGGGTGGGGAAGCAATAGTTATCAGAACTATGATGTCTCTACGCAGCAACAACTGGGGGATAAGACACGGGTAACGCTGTTGGGCGATTATGCCCATACTCATGGTTATGATGTTGTTGCCTATGGTAATACCGGAACGCAAGCGCAGACAGATAACGATGGTTTTTTAAGTAAAACGCTTTATGGCGCGCTGGAGCATAACTTTACTGATGCCTGGAGCGGCTTTGTGCGCGGCTATGGCTATGATAACCGTACCAATTATGACGCGTATTATTCTCCCGGTTCACCGTTGC > NC_000913/4163838‑4164416 | gTCTTCCGGGCGTCGATATCACCCAAAACGGCGGTTCAGGTCAGCTCTCATCTATTTTTATTCGCGGTACAAATGCCAGTCATGTGTTGGTGTTAATTGATGGCGTACGCCTGAATCTGGCGGGGGTGAGTGGTTCTGCCGACCTTAGCCAGTTCCCTATTGCGCTTGTCCAGCGTGTTGAATATATCCGTGGGCCGCGCTCCGCTGTTTATGGTTCCGATGCAATAGGCGGGGTGGTGAATATCATCACGACGCGCGATGAACCCGGAACGGAAATTTCAGGAGGGTGGGGAAGCAATa > 1:540437/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |