| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,223,638 | T→C | intergenic (‑10/‑190) | iclR ← / → metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 4,223,638 | 0 | T | C | 99.1% | 400.6 / NA | 111 | intergenic (‑10/‑190) | iclR/metH | DNA‑binding transcriptional repressor IclR/cobalamin‑dependent methionine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (0/0); major base C (55/55); minor base A (1/0); total (56/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 111 total aligned reads displayed.
GCTGCCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGAACGAAGCC > NC_000913/4223350‑4223932 | gctgcCTACCATAAAGGCACGTACGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCCGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTAt < 2:516350/300‑1 (MQ=255) 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gACCATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAAAGTTATCGACt > 2:223330/1‑300 (MQ=255) ccATGACAGTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGa > 2:516365/1‑300 (MQ=255) gTCTCCTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGAACGAAGcc > 1:360536/1‑300 (MQ=255) | GCTGCCGACCATAAAGGCATGTGCGCCGATTGCCCAATGTCCCAGTTCGCCAACCTGACGCACGAAACCCTGCTGTTGCATCGTGGTTAGCAGGCGGTGGGTCGTGGAATTGGGTAACCCGGCTTGTTGCGCCAGTTCCGTGAGTGCCACACTGCCATTGGATTCGGCAATCCACTCCAGTAATTTCAGGCCACGCGTTAAAGACTGAACCTGTCCAGTCGCTGGTGCGGTGGCAACGGCGGGTTTTCTGCCGCGTTTCGCGGGAATGGGTGCGACCATGACAGTCTCTTTTTTCTGTATCGTGGAAATCATTTTCATTTTTATTGTTAGCTAATGCAATAGTTACTGAACTGATCCGATGAGTTAATGTTGAACAAATCTCATGTTGCGTGGTGGTCGCTTTTACCACAGATGCGTTTATGCCAGTATGGTTTGTTGAATTTTTATTAAATCTGGGTTGAGCGTGTCGGGAGCAAGTGTGAGCAGCAAAGTGGAACAACTGCGTGCGCAGTTAAATGAACGTATTCTGGTGCTGGACGGCGGTATGGGCACCATGATCCAGAGTTATCGACTGAACGAAGCC > NC_000913/4223350‑4223932 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |