| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 1411899 = | 116 (1.280) | 4 (0.050) | 4/546 | 7.7 | 3.4% | coding (50/936 nt) | ttcA | tRNA cytosine(32) 2‑sulfurtransferase TtcA |
| ? | NC_000913 | = 1434958 | 119 (1.440) | intergenic (‑552/+227) | ynaM/uspF | protein YnaM/universal stress protein F | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
GATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAACCGAGCAGATAAG > NC_000913/1434660‑1435255 | gATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATCTTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACt > 2:210318/1‑300 (MQ=255)gATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAGAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACt > 1:86707/1‑300 (MQ=255)gATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACt > 1:28556/1‑300 (MQ=255)gATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACt > 2:397097/1‑300 (MQ=255) atccTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGATTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTTAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTc < 2:557217/298‑1 (MQ=255) aGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTc > 1:748705/1‑300 (MQ=255) gCCTCTATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCCAAAGGGGCAAAAAGGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTAGATGATGATACTTAACACATTGAAACATAAGTAGAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGCTTTTTGCAATTACTTTTTCa > 2:370721/1‑300 (MQ=38) 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ggaATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACt > 1:391548/1‑300 (MQ=255) tATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTa > 2:322631/1‑300 (MQ=255) tCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTaaa > 2:103122/1‑300 (MQ=255) 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gtATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTANCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATNTTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCagaa > 2:502386/1‑300 (MQ=255) tGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAagag < 1:476789/300‑1 (MQ=255) tGCAAGAACATGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAagag < 1:257733/300‑1 (MQ=255) 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gTTGTGATTTTTGCCCTTCCTTGTTCAGGTTGTATTATTCTTTCCTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATACCAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCCGCACAGAGCACCCTGCGCGACACACTACAACTgcggtgtc > 2:84203/1‑296 (MQ=255) ttGCCCNTACTTGTTCAGTTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGNGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAACCGAGc < 2:604856/300‑1 (MQ=255) tACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAACCGAGCAGATAAg < 1:405515/300‑1 (MQ=255) | GATATAGCCTATATGCCTTTGATGCGGAGGAATGAATGTGATGGGAGTGATGTATCTGAATAGTTGAAAAACCGCAGTCACGTCGTATGCAAGAACGTGCTGCGGTTGGTTTGACTTTGATTGAGACGTTTTGGAATTTTTTTCGGTGGCAAAAATGGGGCAAAACGCTGCAAAAGGGGCAAAAAAGGGGCAAAAAAAGAGTGGATTATCGTAGCTTATTGTTGTCGCTGATGATATTTAACACATTGAAAAATAAGTAAAATACTTATGAGTCAGAGAGTTGTGATTTTTGCCCTTACTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTACTAATTTCTTGATTTTGCGACATTTAAAAGCGACTCAATTCGTTATATGGCATCAGAAGAGTATGCGTCATGCCGGAACGCCCAGCATAAGAAATCTGATATAAAAAACTGTGGCGTGTATGGTACGGATTAGAGGGGAAAATGTCAGCACATTTGCGAAATGAATCAAAAAGCCCGCAGCAATGTGCGGGCGTTAGTGTCAGCGCACAACCAGCACGGAGCACTCTGCGTGACGCACTACAGCTGCGGCGTTGGAACCGAGCAGATAAG > NC_000913/1434660‑1435255 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |