| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 404,238 | 2 bp→TT | coding (536‑537/1116 nt) | dgcC → | diguanylate cyclase DgcC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 404,238 | 0 | C | T | 98.4% | 229.5 / NA | 64 | P179L (CCC→CTT) | dgcC | diguanylate cyclase DgcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (33/30); total (34/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | NC_000913 | 404,239 | 0 | C | T | 100.0% | 236.0 / NA | 64 | P179L (CCC→CTT) | dgcC | diguanylate cyclase DgcC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (34/30); total (34/30) | |||||||||||
CATTTAGCCTGGCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCCTCTGCTGTTTGGCTGGGTCAGCTACCAGACGGCAACCAAACTGGCGGAACATAAACGCAGGTTGCAGGTCATGAGTACCCGCGACGGCATGACGGGCGTGTATAACCGACGTCATTGGGAAACTATGTTACGCAATGAATTTGATAACTGTCGGCGGCATAATCGCGATGCAACGTTACTGATTATCGATATCGACCATTTCAAGAGCATCAACGATACCTGGGGCCATGATGTGGGCGATGAAGCGATTGTGGCGCTTACCCGACAGTTAC > NC_000913/403946‑404528 || cATTTAGCCTGGCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTAGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTACCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCTTattatt > 2:481301/1‑300 (MQ=255) tttAGCCTGGCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCTTATTATTGt < 1:20050/300‑1 (MQ=255) aGCCTGGCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCTTATTATTGTCAt > 2:47524/1‑300 (MQ=255) ggCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCTTATTATTGTCATTTATc > 1:209289/1‑300 (MQ=255) 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CATTTAGCCTGGCAGATAGCGAGCAGGGCCGTCGATCCGCTTAGCCGGGAAATTTACAACTTAAAAACCGATGCAGTATTAGCGGGAATGTGGGTAGGCGTAATGGGCGTAAACGTGCTGCCTTCCACCGCGATGTTGATGATTATGTGTCTGAATTTGATGGGGGCAGGCGGCCCCCGTCTGTTTGTCGCGGGTCTGGTGTTGATGGTGGTTTCCTGCCTTGTCACCCTCGAGCTGACGGGCATTACCGTGTCGTTCAATAGTGCGCCGCTGGAATGGTGGCTCTCCCTTCCCATTATTGTCATTTATCCTCTGCTGTTTGGCTGGGTCAGCTACCAGACGGCAACCAAACTGGCGGAACATAAACGCAGGTTGCAGGTCATGAGTACCCGCGACGGCATGACGGGCGTGTATAACCGACGTCATTGGGAAACTATGTTACGCAATGAATTTGATAACTGTCGGCGGCATAATCGCGATGCAACGTTACTGATTATCGATATCGACCATTTCAAGAGCATCAACGATACCTGGGGCCATGATGTGGGCGATGAAGCGATTGTGGCGCTTACCCGACAGTTAC > NC_000913/403946‑404528 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |