| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 1,986,220 | A→G | intergenic (‑92/‑705) | araF ← / → ftnB | arabinose ABC transporter periplasmic binding protein/putative ferritin‑like protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,986,220 | 0 | A | G | 96.7% | 309.0 / NA | 92 | intergenic (‑92/‑705) | araF/ftnB | arabinose ABC transporter periplasmic binding protein/putative ferritin‑like protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base G (35/54); minor base T (0/3); total (35/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.85e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGCAACT > NC_000913/1985932‑1986509 | ccATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTGAAAGATAAGTg < 1:653121/300‑1 (MQ=255) aTCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCGTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGANCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATACCGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGNCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTGAAAGATAAGTGAc < 2:646852/300‑1 (MQ=255) ggcacggcaATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCTGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTGAAAGATAAGTGACtgtg < 1:160833/300‑1 (MQ=255) cggcaATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTACCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCAAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAANTTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTCACTGAAAGATAAGTGACTNTGTTGa > 2:658260/1‑300 (MQ=255) 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ccTTTTAACTGAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGCAACt > 1:444393/1‑300 (MQ=255) | CCATCCGGCACGGCAATCTTAATAACCTCAAACCCTAAATCCTTCCCGGCTTTATCGGCAAACTTCCATTCGGTCTGGAACCACGGCTCTTCCGGTTGCTTCACCAGAAAACCGAGCTTCAGGTTCTCCGCCATAGCGGATTGTGACATAACGGCTGCCAGACCAATGGCTGCCAGGGCTTTAGTAAATTTGTGCATGGTTCTCTCCAGCTTTAGTGTCGTTTTGTGTAGGGCAAAAACGAATGACATTCGTTAAATTAATCGGAAAACAAAGCATTACCTTTTAACTAAAAGATAAGTGACTGTGTTGACATAGTTTTAGCGAGAAATTAATTCTCCATAGGAGAGCAATATCACATCGCAGAATTACAGTGAGAACGTGCATAAATTTAGCGGGAAAAGACATAAGGGAAAGCCAATTTGTCAGACAAATTGTCGAATGCACAGCAGATTAATCCATAAGATTAGCCTGGAAATCCTTGTTGTCTTTGGTACCCATGCGGGATGTCTTCTTTTTAACCAGTCAATAGGCCGCATTACCTGGCGTTGAGTTTTTGAAATGGTGTAATAACCGCAACT > NC_000913/1985932‑1986509 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |