| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 2653419 | 76 (0.770) | 8 (0.090) | 6/548 | 5.7 | 10.0% | noncoding (37/100 nt) | timR | putative small regulatory RNA TimR |
| ? | NC_000913 | 2653746 = | 75 (0.820) | intergenic (‑291/‑109) | timR/ryfA | putative small regulatory RNA TimR/small regulatory RNA RyfA | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CAGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAGTGTATTATCCACTGCGGCCCTTTCCGCCGTCTCGCAAACGGGCGCTGGCTTTAGGAAAGGATGTTCCGTGGCCGTAAATGCAGGTGTTTCACAGCGCTTGCTATCGCGGCAATATCGCCAGTGGTGCTGTCGTGATGCGGTCTTCGCATGGACCGCACAATGAAGATACGGTGCTTTTGTATCGTACTTATTGTTTCTGGTGC > NC_000913/2653452‑2654044 | caGCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTGAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGGCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGGATTAc < 1:393781/300‑1 (MQ=255) tcgagaCAATACTCATCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAANTCAGACAAAGATAAATAAATCCTGCGCAAGATTAAAAATTCTAACCTGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGTTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTActg < 2:178596/295‑3 (MQ=255) gCAAAACAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCg < 1:428042/300‑1 (MQ=255) cAATACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTaa < 1:57882/300‑1 (MQ=255) aTACTCNCCAGTAACTCTCTTTTGGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTAGTGGTTATNTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATg < 2:652001/300‑1 (MQ=255) tACTCACTAGTAACTCTCTGTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTGATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCTGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCGGTCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGc < 2:298222/300‑1 (MQ=255) tACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGc < 1:319206/300‑1 (MQ=255) tACTCACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATACTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGc < 1:378490/300‑1 (MQ=255) cACCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTCCTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTACAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAGTGCAAgc > 2:209953/1‑300 (MQ=255) aCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 1:653359/300‑1 (MQ=255) aCCAGTAACCCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCTCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAgcg < 2:260537/300‑1 (MQ=255) gTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGtc > 1:277286/1‑300 (MQ=255) tctctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGc < 1:115970/300‑1 (MQ=255) tctgtttGTCAAACGAAAGAGAGTAATTGTTGTTTATTTAGCGTATTGTTGACGCTGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAGTAGAAAGAAATCCGGCTCAAAATTAAAAATGTGAACTTGTAAAAGGTGTTACTTAAACATGTGAAGTCACGTCCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCgg < 2:412200/296‑1 (MQ=255) tctTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCgg < 1:688534/300‑1 (MQ=255) cAAGCAAAAGAGAGTAATTATGGTTTATGTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGGGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAAATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGTTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCATCGTAGACAAtcc < 2:729978/300‑3 (MQ=255) gaaggagaggaatgattggctatttaGCGTATTATAGACACCGGCCCGTTATGCNGTATTCGGCAAGAAGGTAATCGGGCGTCATAGGCCGAATGCAGACAAATATAAATAAATCCTGCGCAGAGGGAAAAAGTTGAACAAGTAAAAGATGATACTTAAAAACGGAGAGTCAATTTC‑TGTAAAGGAAAAAAAAACCGCCAAAATTAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTGGTATTACCGTAGGAATGCAAGCGCGTCTCATCGGAGACAATACTCGcc < 2:592739/280‑1 (MQ=255) gaaaGAGAGTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGTAGACAATACTCGcc < 1:215388/299‑1 (MQ=255) agagagTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGt > 1:163704/1‑300 (MQ=255) agagTAATTATTGTTTATTTAGCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAACGATATTACTTAAACATGCAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTaa > 2:27805/1‑300 (MQ=255) gCGTATTATCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCaaaa > 2:673888/1‑300 (MQ=255) attatCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAagaga > 1:809329/1‑300 (MQ=255) tatCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGt > 1:27122/1‑300 (MQ=255) tatCGACACCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGt > 2:363552/1‑300 (MQ=255) cacCGGCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTAAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTtattat > 1:102644/1‑300 (MQ=255) 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gCCCTTTCCGCCGTGTTCGGTAAGAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATAGAAAGAAAGCCTGCTAAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGGAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCGGGCGGTTCTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCTGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTc < 2:320623/300‑1 (MQ=255) cgccgTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGAATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAATTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGGTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAgtg < 1:463803/300‑1 (MQ=255) gccgTGTTCGGTAATAAAATAACCTGGCTTATTAGTCCGGATTCAGACAAATATAAATAAATCCTGCTCAAAGTTAAAAATTCTAACCGGTAAAAGATATTACTTAAACATGTAAATTCACTTTCCTTTAAAA‑AACAAAAAACCGCCAAAATCAGGCGGTTTTTTGTTG‑CTGCTCCGGTTCGCGGCCTTTCCAGCAGGTTGTATTACCGTAGTAATGCAAGCGCGTCTCAGCGGAGACAATACTCGCCAGTAACTCTCTTTTTGTCAAGCAAAAGAGAGTTATTATTGTTCTGTTAgtgt < 1:629678/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |