| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780629 | 167 (1.680) | 15 (0.200) | 13/446 | 3.1 | 12.4% | noncoding (76/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 780919 = | 87 (1.180) | intergenic (+1/‑149) | lysW/valZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTA‑GTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 | cGACCCACCAATCGCTAAGGGGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCGTGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAATCGAGTCATCCTGCACGACCCGCCACCAACATAGTTAGTTGTAGTACNCAGCGTAGTATCTGGTGATTAGCTCAGCTGTGAGAGCACCCCCCCTACAATGAGGGGGGCGGTGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGTTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAg < 2:182333/300‑1 (MQ=21) caccaATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCACGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCTTTCGCTCAGTTGGGCGAGCAGTTGACTTTTCATCAACTGGTCACAAGTTTGAATCCTGCCCGAACCACCAGttttc > 2:72941/1‑299 (MQ=25) aaTCGCTAAGGTGGAAGCGGTAATAAAACGTGCAGAATAACGTGGCATGAGTAACGACCCGAAGGGCGAGACTAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACAACTAACATAATTAGGTGGAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCGGCGGGGAGGGCGCTGCGCTGACACGGATGTGGTCGGCTGTGCAATCCCGCCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGTTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACAt < 2:420442/300‑1 (MQ=18) tCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCCTCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTCGAGCAGTTAACTTTTAATCGATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTTAACATCg > 1:267800/1‑300 (MQ=255) tCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCCCGACCCCCCAATTTTAACATCg > 2:161600/1‑300 (MQ=255) tCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCCATTTTCACATCg > 1:216298/1‑300 (MQ=255) gCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGTTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAA‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTNAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAANATcaaa > 2:653416/1‑297 (MQ=255) 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aTCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGAACCACCACTACTGAAGGTGGGTTCGGTGGAAGTAACTTGTA‑GTATCCAGCGCCGTATCGGGTGATTAGCTCAGATGGGGGAGTACCTAACTTACACGAAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTGGCTTAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATTAATTGGTCGCAGGt > 2:286943/1‑300 (MQ=25) aTCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCATAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTA‑GCATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGATAGCACCTCCCTTACCAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGCAGAGCAGTTGACTTTTACTTACTTGGTCGCAGGt > 2:132954/1‑300 (MQ=37) cTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑AAAG‑CGCGTCACCCTTCACAAACCCCCCCTAATGACAGTGGGTTCGGTGGAAATCGTTTGTA‑GTATCCAGCGACGTATTGGGTGATTCGCTCAGCTGGGAGCACACCTCCCTTACACGGAGAGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTTGTTAGTTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAACCAATTGGTCGCAAGTTCg > 1:25207/1‑300 (MQ=21) cTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGCAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCCTGACGGTGGGTCCGTTTCTCGTA‑TTCCTCCATATCCAGCGCAGTATCGGGTGCTTCGCCCAATTGGGAGAGCGCGTATCTCCCAAGGGGGGGGTCGGCGGTTCGATCACGTTGTCAACCACAACTCGGGTAGTTAGTTAGGTTGGTAGAGCAGTTGGCTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCg > 2:393524/1‑300 (MQ=12) cGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTA‑GTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATcc < 1:162438/300‑1 (MQ=255) aCCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTA‑GTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTCGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTNACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTg > 1:537329/1‑300 (MQ=255) | CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCAC‑CGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGACAGATGTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑C‑GAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTA‑GTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |