| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (16/31); new base A (20/0); total (36/31) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.15e-07 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGGCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTCGCTGCGACCTGGCAACAAACCCGCGCCGCATTTGATGCTGGTGCCGACGGCCTGGTGCATTGCTATAACGGGATGACAGGTTTACATCACCGCGAACCGGGAATGGTTGGCGCGGGATTAACGGACAAGCGCGCCTGGCTGGAACTGATAGCCGATGGTCATCATGTGCATCCGGCGGCAATGTCGCTGTGTTGTTGCTGTGCGAAAGAGAGAATCGTACTGATCACCGACGCGATGCAGGCAGCTGGGATGCCGGATGGTCGCTATACGTTATGTGGTGAAGAAGTGCAGATGCAC > NC_000913/3280772‑3281364 | cgaccTAACCCATATACACCGTCCTGTGGTCCTTGGCCCGGTGTTCGGGCTGGTACTTTGCGATCTGCATACCTGAATTTGGACCGGCGGTACGCTGGAACTGGGN‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGCGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGTTACCATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTTTCGTGAAACCCGATTTCGCATTGGGTTC‑CTCCGTACCTTTCGCCGCCCCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTCGCTg < 2:843572/297‑1 (MQ=255) gCCTAACCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTAGCTGCg > 2:47450/1‑300 (MQ=255) tAACCTATATGCACTGTCCGGTGGTTTTCGTCCTGTTGTTAGGGATGGTATTTGTCAATCTGCATACCGGCATTTTAACCTGGGGTACGCTG‑AAGTTGTGGTGGATGGGGCGGGCTCTGCGTGCGGGCGCACAGCCGCCTAGCGGGGGTATCGGTACTATCGTCGGCATGGCGTGTGCCATTACTACTGGCGTGAGATCCGATGTTGCGGTAGGTGT‑CGCCTTATCTTTCGCTTTCGCAGTACAGATTGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGGCTCGCTGCGAcc < 2:362034/300‑1 (MQ=255) aaCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGG‑TGTCTCGCTGCGACCt > 2:850171/1‑300 (MQ=255) aaCCCATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTAGCTGCGACCt > 2:421896/1‑300 (MQ=255) cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGNGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTAGCTGCGACCTgg > 2:714721/1‑300 (MQ=255) cccATATGCACCGCCCGGTGGTCCTCGGCCCGTTGGTCGGGCTGGTACTTGGCGATCTGCATACCGGAATTTTAACCGGCGGTACGCTGGAACTGGTG‑TGGATGGGGCTGGCCCCGCTGGCGGGCGCACAGCCGCCTAACGTGATTATCGGTACTATCGTCGGCACGGCGTTTGCCATTACTACTGGCGTGAAACCCGATGTCGCAGTAGGTGT‑CGCCGTACCTTTCGCTGTCGCAGTACAGATGGGGATTACCTTCCTGTTCTCGGTGATGTCCGGCGTGA‑TGTCTAGCTGCGACCTgg > 2:386331/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |