| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 780629 | 126 (1.050) | 11 (0.120) | 11/446 | 5.8 | 11.3% | noncoding (76/76 nt) | lysT | tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 780919 = | 78 (0.870) | intergenic (+1/‑149) | lysW/valZ | tRNA‑Lys/tRNA‑Val | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 | cGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAg < 1:893365/300‑1 (MQ=255) cccACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGGAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAATGATGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCACCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGttt < 2:587123/300‑1 (MQ=255) aTCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAAtttcaagact > 2:442219/1‑293 (MQ=255) tCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCANCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGNTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATca > 2:747958/1‑299 (MQ=255) ggTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCCCCAGTTTTAACATCGAAGAC‑Ag > 1:490843/1‑300 (MQ=255) ggTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACCGGGTCGTTCGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTCATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTCACATCTAAGAC‑Ag > 2:854262/1‑300 (MQ=255) cGGTAGTAAAACGTGAATGGTAACGTTGCATGAGTAACGGCCCGAAGGGCGAGGCGAAGTCGGGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATATTTAGTTGTAGTATCCAGCGTNTTATCGGTTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCNATCCCGTCACCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑TTTAAg < 2:752044/300‑1 (MQ=21) cGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAg < 1:556593/300‑1 (MQ=255) cGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTACATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATTCTGCACGACTCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGGAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAACACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAg < 2:209908/300‑1 (MQ=255) gtaggaAAACGTGAAGAGTAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAGGGACGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGGATTATCCCGCGGAGTATCTGGTGATTAGCTCAGCTGGTAGAGCACCTCCCTTACAATGATGTGTTCTGTTGTTCGATCCCGTCACCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCg < 2:615851/300‑1 (MQ=18) 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tGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCTAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAAc < 1:268525/300‑1 (MQ=255) gAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCCCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTCGCCCAGGTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTCATCAATTGGTCGCCGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTCACATCGAAAAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATCACg > 2:393980/1‑300 (MQ=21) gagggtaactttgtgtgatcAACGGCCCGAGGTGCGAGACTAAGTCGAGTCATCCTGCACGGCCCACCGCTGAAATAGTTAGTTGGAGTATATCGAGTAGTGTCGGGTGGTTAGCTCAGCTGGTAGAACACCTTCCTTACAAGGAGGTGGTCGGTGGTGCGATCCTGTCATCACCCACCACCTGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCTAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 2:282644/281‑1 (MQ=17) agggagaaCGTTGAATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGTAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCTTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCAAACTC‑AGAT‑GTTAAGCGTGAAGGATAACGt < 1:184189/294‑1 (MQ=17) aaGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGt < 1:516924/300‑1 (MQ=255) ggATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCATTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCAACCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGAACCACCAGTTTTAACATCAAACTC‑AGAT‑GTTAAGCGTGAAGGATAACGtct > 2:183107/1‑298 (MQ=17) 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accaaccaGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCCTCCTGCACGACCCACCACTGATGACGGTGGGTTGGGTGGACGTCGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGNTCAGCTGGGAGAGCACCTAACTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGCTCCCGTCATTACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTg > 2:225048/5‑300 (MQ=25) aCCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCCCCACTCCTGACGGTGGGTTCGGCGGAAGTCATTTATAGTGTCCCGCGCCGTATTGGGTGATTAGCTCAGCTTGGAAAACCCCTCCCCCACCCGGAAAGTGTCAGCGACCCAACCCCGTCATCACCCACCCCTCAGATCGCTAGCGCAATTGGCAGAGCAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTg > 1:555969/1‑300 (MQ=16) caGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAc < 1:154617/300‑1 (MQ=255) aGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCCTAACGGTGGGTTCGGTGTAAGTCATTTGTAGTCTCCCACGCAGTATCGGATGATTCGCCCCGCCAGGATATCACATCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAcc > 1:740999/1‑300 (MQ=21) | CGACCCACCAATCGCTAAGGTGGAAGCGGTAGTAAAACGTGAAGGATAACGTTGCATGAGCAACGGCCCGAAGGGCGAGACGAAGTCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAACATAGTTAGTTGTAGTATCCAGCGTAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTT‑GACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTT‑CGAATCCTGCACGACCCACCAGTTTTAACATCGAAGAC‑AGAT‑GTTAAGCGTGTAGGATAACGTTGCGTCAGCAACGGCCCGTAGGGCGAG‑CGAAG‑CGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTAATGACGGTGGGTTCGGTGGAAGTAGTTTGTAGTATCCAGCGCAGTATCGGGTGATTAGCTCAGCTGGGAGAGCACCTCCCTTACAAGGAGGGGGTCGGCGGTTCGATCCCGTCATCACCCACCACTCGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > NC_000913/780620‑781217 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |