| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| JC JC | NC_000913 | 3,189,075 | IS5 (+) +4 bp | pseudogene (1644‑1647/2434 nt) | yqiG → | putative outer membrane usher protein YqiG |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 2288919 = | NA (NA) | 153 (1.270) | 98/598 | 0.0 | 98.7% | noncoding (1195/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 3189075 = | 2 (0.020) | pseudogene (1644/2434 nt) | yqiG | putative outer membrane usher protein YqiG | |||||
| * | ? | NC_000913 | 3130146 = | NA (NA) | 332 (2.760) | 150/598 | 0.0 | 99.4% | noncoding (1/1195 nt) | IS5 | repeat region |
| ? | NC_000913 | = 3189078 | 2 (0.020) | pseudogene (1647/2434 nt) | yqiG | putative outer membrane usher protein YqiG | |||||
Only 100 of 332 total aligned reads displayed.
CGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3130441‑3130146‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTCATTCA < NC_000913/3189078‑3188781 CGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCCCTAG < 1:83587/300‑1 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GTTCGCACCTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGAT < 2:541132/300‑1 GTTCGCACCTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGACCCAAACTTCCGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGAT > 1:154798/1‑300 GTTCGCACCTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATGCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATGGAT < 2:858543/300‑1 ACCTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCTGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTC < 2:380515/300‑1 ACCTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTCCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTC < 1:607553/300‑1 CTTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAANTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTCAT > 2:720358/1‑300 TTCCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTAATGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTCATT > 1:765771/1‑300 CCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTCATGGCCCGATATCCAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTAAGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTCAACGTGACAATGTAACTCTCTTTTTCATTCTGATACTTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATCTCTTCATTCc > 2:494818/1‑299 CCCTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGAGNCTAAGTGATAATGAATAACTCACATTNATGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTCTTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTCATTCA > 2:635719/1‑300 CGCGCCATCGCTCAGGTTGTACCAATGCTGCATGCAGTGAATGCGTAGCATGGTTTCCAGCGGATAAGGTCGCCGGCCATTACCAGCCTTGGGGTAAAACGGCTCGATGACTTCCACCATGTTTTGCCATGGCAGAATCTGCTCCATGCGGGACAAGAAAATCTCTTTTCTGGTCTGACGGCGCTTACTGCTGAATTCACTGTCGGCGAAGGTAAGTTGATGACTCATGATGAACCCTGTTCTATGGCTCCAGATGACAAACATGATCTCATATCAGGGACTTGTTCGCACCTTCC‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3130441‑3130146‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑CTAGTTCCCCAGGGAATCGAAATATTTAGGTACAGTTGATCCTGGTTGTCTTCTTCCCAGTTTATTCGGCTAAATGTTAGAGAAGTGGAGACGTTTTTTAATGGCCCGATATCAAAATCGCGGCTAAGTGATAATGAATAATTCACATTACTGCTGGCGTCCCAGTAAGTATTACGAGCCAAACTTACGTATGTATTTAACCTTAATGATTCAAGATACTGGTTAAACGTGACAATATAACTCTCTTTTTCATTCTGATAATTCGTGTAATGGTTAGTGTCATTGATATATTCATTCA < NC_000913/3189078‑3188781 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |