| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 1,093,264 | C→T | A130V (GCA→GTA) | dgcT → | putative diguanylate cyclase DgcT |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,093,264 | 0 | C | T | 99.4% | 574.5 / NA | 157 | A130V (GCA→GTA) | dgcT | putative diguanylate cyclase DgcT |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base T (74/82); minor base G (0/1); total (74/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 157 total aligned reads displayed.
GCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTGTACTTAGTTTGGCTTTTCTGAGTTGTTTGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGC > NC_000913/1092968‑1093558 | gCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTGTACTTAGTTTGGCTTTTCTGAGTTGTTTGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGTAtt > 1:480649/1‑300 (MQ=255) 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tAATATTTCTGGTATTGTTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCACAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACgg < 2:91857/300‑1 (MQ=255) tAATATTTCTGGTATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTAAAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACgg > 1:164272/1‑300 (MQ=255) tAATATTTCTGGTATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTNATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCNTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACgg < 2:791858/300‑1 (MQ=255) 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GCCAGGCGTTGAGGAAGTTGTTCCACGATCAACCTATCTGATGGTAATGATTGCTTTATTTTTTATCGATACTGTTGCATTTATTTTTATGCAGTTGTATTTCATTTATGACCGTAGGCAATTTTCAAACTGTGTACTTAGTTTGGCTTTTCTGAGTTGTTTGATTTACTTTGTTATAACCGTCATTATCATTCAGCAAATTATTGAGGAGCGTTTGACAAGCAGTGTTGTCCAAAATGACATTGCAATCTATTATTTGTTTCGTCAGATGAGTTTGTGCATATTAATATTTCTGGCATTGGTGAATAAAGTTAGTGAAAACACAAAACAGCGCAATTTATTTTCCAAAAAAATGACTTTGTGCATAAGTTTGTTTTTTGTTTTTGGGGGGCCGATAGTTGCTCACATACTTTCTAGTCATTATGAGAGCTACAATTTACACATTGCCGAGTTAACCAATGAAAATGGTCAGGTGGTTTGGAAAGCCTCATATGTTACCATAATGATTTTCATGTGGTTAACCTTGCTTTCGGTTAATCTATACTTTAATGGTTTACGCTATGATATCTGGAATGGAGTGACGGTGATTGC > NC_000913/1092968‑1093558 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |