| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 430,299 | 0 | C | A | 29.2% | 193.2 / 11.3 | 97 | F265L (TTC→TTA) | secF | Sec translocon accessory complex subunit SecF |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (36/32); new base A (28/0); total (64/33) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.68e-06 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTATCGGTGTTTCCATCGGTACTGCATCTTCCATCTATGTGGCATCTGCGTTGGCTCTGAAACTGGGTATGAAGCGCGAACACATGTTGCAGCAGAAAGTGGAAAAAGAAGGGGCGGATCAGCCGTCAATTCTGCCGTAATCAAGTTCCCGTTGATGTTGAAAATCCCGGTCAGAAGATCGGGATTTTTTTTGATGTATGGAGATTGCGAAAATCCCCGCATCTTGGGAAACTGCGCGTAACCCTACATTTCATCCAGG > NC_000913/430000‑430595 | gAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTc > 2:553573/1‑300 (MQ=255) gggCGACTGGCGGCAGGTGTGGTTATTGCGCTGGAGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTTTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTNCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTNGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCggt < 2:597747/299‑1 (MQ=255) gCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCggtgg > 1:138555/1‑300 (MQ=255) cggcAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGGTTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTAGTTGGTC‑TGGTat > 2:132254/1‑299 (MQ=255) cggcAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTAGGTGGTC‑CGGTAc > 2:132211/1‑300 (MQ=255) gcgcTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTg > 2:1186/1‑300 (MQ=255) cgacgTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTACGCCAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTATTCGGTGGTC‑CGGTACCGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTAt > 1:449688/1‑300 (MQ=255) gacgTTACCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACGCGCGTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGGACCTCTTCGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTATc < 2:431099/300‑1 (MQ=255) acgTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTAGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTATCg > 2:90745/1‑300 (MQ=255) gTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATCTCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCCTCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGCCAGTATCGTGGTATCGGACCGTCTTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTCTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTAGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTAGCTGACCATGCTTATCGgt > 1:823965/1‑300 (MQ=255) 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ctTCGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTATCGGTGTTTCCATCGGTACTGCATCTTCCATCTATGTGGCATCTGCGTTGGCTCTGAAACTGGGTATGAAGCGCGAACACATGTTGCAGCAGAAAGTGGAAAAAGAAGGGGCGGATCAGCCGTCAATTCTGCCGTAATCAAGTTCCCGTTGATGTTGAAAATCCCGGTCAGAAGATCGGGATTTTTTTTGATGTATGGAGANTGCGAAAATCCCCGCATCTTGGGAAACTGCGCGTAACCCTACATTTCNTCCAgg > 2:688625/1‑300 (MQ=255) | GAGTGGCGACTGGCGGCAGGGGTGGTTATTGCGCTGGCGCACGACGTTATCATTACGCTGGGTATTTTGTCGTTATTCCATATCGAGATTGACCTGACCATTGTGGCATCGTTGATGTCGGTTATCGGTTACTCGCTTAACGACAGTATCGTGGTATCGGACCGTATTCGTGAAAACTTCCGCAAGATCCGTCGCGGTACGCCTTACGAAATCTTTAACGTGTCCTTGACCCAGACGCTGCACCGTACCTTGATCACATCCGGTACTACCTTGATGGTTATCCTGATGCTGTACCTCTTCGGTGGTC‑CGGTACTGGAAGGCTTCTCGCTGACCATGCTTATCGGTGTTTCCATCGGTACTGCATCTTCCATCTATGTGGCATCTGCGTTGGCTCTGAAACTGGGTATGAAGCGCGAACACATGTTGCAGCAGAAAGTGGAAAAAGAAGGGGCGGATCAGCCGTCAATTCTGCCGTAATCAAGTTCCCGTTGATGTTGAAAATCCCGGTCAGAAGATCGGGATTTTTTTTGATGTATGGAGATTGCGAAAATCCCCGCATCTTGGGAAACTGCGCGTAACCCTACATTTCATCCAGG > NC_000913/430000‑430595 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |