| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 186,408 | 0 | G | T | 28.6% | 136.4 / 68.5 | 84 | A748E (GCG→GAG) | glnD | protein‑PII uridylyltransferase/uridylyl‑removing enzyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (24/36); new base T (10/14); total (34/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GGGCACCATGAAGCGAAATTCCCAGATCGGCAAAAATTTTCCCGACTCGCGCCAGCAGTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATACCGTCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAATTGCGGCGGTCTAATTCGGCACAGACGGCGGCAAACAGATAAGGGCGGTCCGGGCTCCAGATAAAAATCTCGGTGCCTCCACGCGTAGCCTGCGGGCTAAGCAATACCAGCGGTTTGCTTAAATCATGCTGTAATAAATGGCGGGCATGCCAGGCCAGTTGATTTGGGCTATGGCGGACAAAATAGTTAGCACGACAGCGTGACCAAATTTGGTGCAGCGCCTCTTCGTCGATGTTATCCATGCGCAGTA > NC_000913/186115‑186705 | gtacACCATGAAGCGAAATTCCCAGATCGGCAAAAATTTTCCCGACTCGCGCCAGCAGTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACTGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATAc < 1:552261/297‑1 (MQ=255) gAAGCGAAATTCCCAGATCGGCAAAAATTTTCCCGACTCGCGCCAGCAGTCCAGGTTGGTCTAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGCTACTGCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCTCCATACCGTCGCGAg < 2:165058/300‑1 (MQ=255) cGACTCGCGCCAGCAGTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATACCGTCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAAt < 1:257434/300‑1 (MQ=255) gTCCAGGTTGGTCGCGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATACCGTCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAATTGCGGCGGTCTAAtt > 1:548762/1‑300 (MQ=255) gTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCNGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATACCGNCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAATTGCGGCGGTCTAAtt > 2:791622/1‑300 (MQ=255) gTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCNGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCGCCATACCGTCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAATTGCGGCGGTCTAAtt > 1:602002/1‑300 (MQ=255) gTCCAGGTTGGTCGAGGGCGATCAGTTCGAGGAACGATTTGCGGTCGGTATGGGTCGGCAAAAACGTTACTTCGGTTTCAACAGTAAAATGGCGTAATTTGGCGGGTTGGCGACGGGGCTGCGGTGGCTGCCAGCTACTTTGCGTCAGTACTTGCTCCAGACCAAACCGAATAACCTCATGACGATCTGCGGACAGCGGGTTGCCATCGGGTTCCAGCACGATAAAGGTATCCATCTCCATACCGTCGCGAGTGGTGAAAATTTGTGCGTCGTGAACACTTAAATTGCGGCGGTCTAAtt > 2:526002/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |