| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1287084 | 64 (0.600) | 5 (0.050) | 5/558 | 8.9 | 7.8% | noncoding (153/171 nt) | rttR | small RNA RttR |
| ? | NC_000913 | 1287557 = | 59 (0.590) | noncoding (66/85 nt) | tyrT | tRNA‑Tyr | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
GCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGG > NC_000913/1286787‑1287373 | gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTAc > 1:682177/1‑300 (MQ=255)gcgcTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTAATCCTTCCCCGAATGG‑GAAGAATATTTAATTGCGGATTCG‑TTGGGCAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGAttcg > 1:682110/1‑298 (MQ=14) gttCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATGCGTGCGAGAATTCCGGGACTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTTACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCATGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTc < 2:93430/298‑1 (MQ=17) gctaaaGTCGAACTTTGATCGGAGCTTATAATCCTTCAACGTGTGGGCAGAGTATTTGACGGGGGAGTAGTGGGAGAGTTCCGGGGCTTGCGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGACTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCGGGTCGTTGCCTGCGGCGACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGCGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTc < 2:721555/296‑1 (MQ=14) aGTCGAACCTTGTTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAgcgc < 1:854482/300‑1 (MQ=255) aGTCGAACCTTGGTCGAATCTTCTCATCCTTCCCCGCGTTTGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGTGG‑AAGGATTACTCAgcgc < 1:739485/300‑1 (MQ=255) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGNATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAgcgc < 1:598822/300‑1 (MQ=255) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAgcgc < 1:452357/300‑1 (MQ=255) aGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCAGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTCCTCAgctc > 2:225220/1‑298 (MQ=255) cTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCgg > 1:491554/1‑300 (MQ=255) 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tttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGTTGGTGGGGTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAAcc < 1:333720/300‑1 (MQ=255) tttagaATTCCGGTGCTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCt < 1:81184/297‑1 (MQ=255) ggtggtggtGGAAGAATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGTTCGTTGCCTGCGGCAACACCCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACTTTAGTCGAAGCTTCTCATCCGTCCCCGCGGGG‑GCAGAAGATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCAt < 1:66282/300‑1 (MQ=14) ggtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCgatg < 1:712768/300‑4 (MQ=255) ggtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACACTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGGACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATGCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGTGGCAACGTTCTCTCGCTTTCGCTCGAATCGAACCTTAGTCGAAGGTTCTCACCCTTCCCCgatg < 2:484938/300‑4 (MQ=14) gggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGG‑GCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAG‑AGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGG‑AAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTCCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGgaagaa > 1:665512/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |