| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,664,986 | C→T | *275* (TAG→TAA) | gadX ← | DNA‑binding transcriptional dual regulator GadX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,664,986 | 0 | C | T | 99.4% | 579.4 / ‑5.7 | 166 | *275* (TAG→TAA) | gadX | DNA‑binding transcriptional dual regulator GadX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base T (61/103); minor base G (1/0); total (62/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.76e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
AAACTGCCAGATTTGGTAGGACCAAAATTTATCCACAAAGTAGTTTTGCATAACAGTTAATTGATAATAAGTAAATGCAGCACGAATATATTTTCGCACAGCGTATAGCTTATGTTTATAAAAAAATGGCTGATCTTATTTCCAGTAAAAGTTATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTCTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATAATTTCGAAAGACGTAAATGAAATACGACACGCTGTGATATCCACAGGATACTGCAACTCGCTTAATTGAAAAACCATGTATAACAATAAGTTGCAAAGCACGTTGCATTCTACACTCAGTAAGCAACTGTGAATATGATGTCTCTTCTT > NC_000913/3664700‑3665269 | aaaCTGCCAGATTTGTGAGGACCAAAATTTATCCACAAAGTAGTTTTGCATAACAGTTAATTGATAATAAGTAAATGCAGCACAAATATATTTTCGCACAGCGTATAGCTTATGTTTATAAAAAAATGGCTGATCTTATTTCCAGTAAAAGTTACATTGAACGTACTTAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCTGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTAttc < 2:458666/300‑1 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gTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGANAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATAATTTCGAAAGACGTAAATGAAATACGACACGCTGTGATATCCACAGGATACTGCAACTCGCTTAATTGAAAAACCATGTATAACAATAAGTTGCAAAGCACGTTGCATTCTACACTCAGTAAGCAACTGTGAATatgatg < 1:691588/300‑1 (MQ=255) tttttttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATAATTTCGAAAGACGTAAATGAAATACGACACGCTGTGATATCCACAGGATACTGCAACTCGCTTAATTGAAAAACCATGTATAACAATAAGTTGCAAAGCACGTTGCATTCTACACTCAGTAAGCAACTGTGAATATGATGtc < 1:504616/300‑1 (MQ=255) ttATGTCTGAGTAAAACTTTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCNGCCCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATAATTTCGAAAGACGTAAATGAAATACGACACGCTGTGATATCCACAGGATACTGCAACTCGCTTAATTGAAAAACCATGTATAACAATAAGTTGCAAAGCACGTTGCATTCTACACTCAGTAAGCAACTGTGAATATGATGTCtcttc < 1:669908/300‑1 (MQ=255) | AAACTGCCAGATTTGGTAGGACCAAAATTTATCCACAAAGTAGTTTTGCATAACAGTTAATTGATAATAAGTAAATGCAGCACGAATATATTTTCGCACAGCGTATAGCTTATGTTTATAAAAAAATGGCTGATCTTATTTCCAGTAAAAGTTATATTTAACTTACTGAGAGCACAAAGTTTCCCGTGCCAACAGGGAGTGTTATAACGGTTTATTAGTCTGGAGACGGCAGACTATCCTCTTCCCGGTCCCCTATGCCGGGTTTTTTTTATGTCTGAGTAAAACTCTATAATCTTATTCCTTCCGCAGAACGGTCAGTGCCGTAAAAATTCCCTTGCGCAACAATACTTGCCGCCGAGTCACGGTTCGACAATCTCTGCGCCGATCGCTCCTGATACTCTGTGGGCGTCATCCCATAATAATTTCGAAAGACGTAAATGAAATACGACACGCTGTGATATCCACAGGATACTGCAACTCGCTTAATTGAAAAACCATGTATAACAATAAGTTGCAAAGCACGTTGCATTCTACACTCAGTAAGCAACTGTGAATATGATGTCTCTTCTT > NC_000913/3664700‑3665269 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |