| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,864,262 | C→T | S9S (TCC→TCT) | ygbM → | putative 2‑oxo‑tetronate isomerase YgbM |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,864,262 | 0 | C | T | 99.0% | 329.2 / NA | 98 | S9S (TCC→TCT) | ygbM | putative 2‑oxo‑tetronate isomerase YgbM |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (35/62); total (36/62) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.67e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
ATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGGCAGCAGACAATCAGGCTTTTTTACTGGCAAATCATGGCCCAGTGGTTTGCGGTGAAAGCCTGCAAGAAGCCGCCAACAATATGGAAGAGCTGGAGGAAACGGCAAAGCTGATTTTTATTCTCGGTGACCGCCCGATCCGTTATCTGACCGCAGGTGAAATTGCGGAATTAAGGAGTTAATGCAATGCCTCGTTTTGCAGCTAATTTATCCATGATGTTCACCGAAGTGCCTTTTATTGAACGCTTCGCCGCAGCGCGAAAAGCCGGGTTCGATGCTGTGGAATTTCTGTTTCCCTATAACTACTCCACCCTGCAAATCCAAAAGCAACTGGAGCAAAACCATCTGACACTGGCGCTGTTCAATACCGCTCCCGGAGATATTAATGCGGGGGAATGGGGATTATCCGCCCTTCCCGGACGTGAGCACGAAGCACACGCAGACATCGACCTGGCACTGGAATATGCATTGGCGCTCAATTGTGAACAAGTCCATGTGATGGCA > NC_000913/2863964‑2864553 | aTACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGGCAGCAGACAATCAGGCTTTTTTACTGGCAAATCATGGCCCAGTGGTTTGCGGTGAAAGCCTGCAAGAAGCCGCCAACAATATGGAAGAGCTGGAGGAAACGGCAAAGCTGATTTTTATTCTCGGTGGCCGCCCGATCCGTTATCTGACCGCAGGTGAAATTGGGGAATTAAGGGGTTAATGCAATGGATAGTTTTGAAGCTAAGTTATCCa > 2:296237/1‑300 (MQ=255) 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aaTTTATCTATGATGTTCACCGAAGTGCCTTTTATTGAACGCTTCGCCGCAGCGCGAAAAGCCGGGTTCGATGCTGTGGAATTTCTGTTTCCCTATAACTACTCCACCCTGCAAATCCAAAAGCAACTGGAGCAAAACCATCTGACACTGGCGCTGTTCAATACCGCTCCCGGAGATATTAATGCGGGGGAATGGGGATTATCCGCCCTTCCCGGACGTGAGCACGAAGCACACGCAGACATCGACCTGGCACTGGAATATGCATTGGCGCTCAATTGTGAACAAGTCCATGTGATGGCa < 1:544031/300‑1 (MQ=255) | ATACGTGGTGATGCGGATGGGAAATGTCCCGCTGGTGCCTTATTACCGACCGGGCGATAAACGCATCGCACAGGATCTGGCGGAACTGGCAGCAGACAATCAGGCTTTTTTACTGGCAAATCATGGCCCAGTGGTTTGCGGTGAAAGCCTGCAAGAAGCCGCCAACAATATGGAAGAGCTGGAGGAAACGGCAAAGCTGATTTTTATTCTCGGTGACCGCCCGATCCGTTATCTGACCGCAGGTGAAATTGCGGAATTAAGGAGTTAATGCAATGCCTCGTTTTGCAGCTAATTTATCCATGATGTTCACCGAAGTGCCTTTTATTGAACGCTTCGCCGCAGCGCGAAAAGCCGGGTTCGATGCTGTGGAATTTCTGTTTCCCTATAACTACTCCACCCTGCAAATCCAAAAGCAACTGGAGCAAAACCATCTGACACTGGCGCTGTTCAATACCGCTCCCGGAGATATTAATGCGGGGGAATGGGGATTATCCGCCCTTCCCGGACGTGAGCACGAAGCACACGCAGACATCGACCTGGCACTGGAATATGCATTGGCGCTCAATTGTGAACAAGTCCATGTGATGGCA > NC_000913/2863964‑2864553 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |