| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,789,030 | C→T | Q16* (CAG→TAG) | glaH → | glutarate dioxygenase GlaH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,789,030 | 0 | C | T | 99.2% | 485.6 / NA | 134 | Q16* (CAG→TAG) | glaH | glutarate dioxygenase GlaH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (58/75); total (59/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.40e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
TTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAGATATTTTTAGATTATGGCTACGAAATGAGCATCGCCATGTCACCCTACATCTCATAAGAGGATCGCTTCTGATGAATGCACTGACCGCCGTACAAAATAACGCTGTCGATTCAGGCCAGGACTATAGCGGATTCACCCTCACCCCGTCGGCGCAATCCCCGCGTCTGCTGGAACTCACCTTCACCGAACAGACGACCAAACAGTTTCTTGAGCAGGTTGCCGAGTGGCCCGTGCAGGCGCTGGAGTACAAATCGTTTCTGCGTTTTCGGGTAGCCAAAATTCTTGACGATCTATGTGCGAACCAGCTGCAACCATTGCTGTTGAAGACGTTGCTAAACCGCGCTGAAGGTGCGTTGTTGATCAATGCGGTGGGTGTCGATGATGTGAAGCAAGCGGATGAGATGGTGAAGC > NC_000913/2788736‑2789324 | tttttATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAGATATTTTTAGATTATGGCTACGAAATGAGCATCGCCATGTCACCCTACATCTCATAAGAGGATCGCTTCTGATGAATGCACTGACCGCCGTACAAAATAACGCTGTCGATTCAGGCTAGGAc < 2:527585/300‑1 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gTCGATTCAGGCTAGGACTATAGCGGATTCACCCTCACCCCGTCGGCGCAATCCCCGCGTCTGCTGGAACTCACCTTCACCGAACAGACGACCAAACAGTTTCTTGAGCAGGTTGCCGAGTGGCCCGTGCAGGCGCTGGAGTACAAATCGTTTCTGCGTTTTCGGGTAGCCAAAATTCTTGACGATCTATGTGCGAACCAGCTGCAACCATTGCTGTTGAAGACGTTGCTAAACCGCGCTGAAGGTGCGTTGTTGATCAATGCGGTGGGTGTCGATGATGTGAAGCAAGCGGATGAGATg < 1:620014/300‑1 (MQ=255) cGATTCAGGCTAGGACTATAGCGGATTCACCCTCACCCCGTCGGCGCAATCCCCGCGTCTGCTGGAACTCACCTTCACCGAACAGACGACCAAACAGTTTCTTGAGCAGGTTGCCGAGTGGCCCGTGCAGGCGCTGGAGTACAAATCGTTTCTGCGTTTTCGGGTAGCCAAAATTCTTGACGATCTATGTGCGAACCAGCTGCAACCATTGCTGTTGAAGACGTTGCTAAACCGCGCTGAAGGTGCGTTGTTGATCAATGCGGTGGGTGTCGATGATGTGAAGCAAGCGGATGAGATGGt > 1:59854/1‑300 (MQ=255) cAGGCTAGGACTATAGCGGATTCACCCTCACCCCGTCGGCGCAATCCCCGCGTCTGCTGGAACTCACCTTCACCGAACAGACGACCAAACAGTTTCTTGAGCAGGTTGCCGAGTGGCCCGTGCAGGCGCTGGAGTACAAATCGTTTCTGCGTTTTCGGGTAGCCAAAATTCTTGACGATCTATGTGCGAACCAGCTGCAACCATTGCTGTTGAAGACGTTGCTAAACCGCGCTGAAGGTGCGTTGTTGATCAATGCGGTGGGTGTCGATGATGTGAAGCAAGCGGATGAGATGGTGAAGc < 1:9913/300‑1 (MQ=255) | TTTTTATCGACCAGATAATCTGTTCTCTAATGTTAACTCCCCCTAACCTGTTGCTTTAGTTATTCATTTCCTGTCTCACTTTGCCTTAATACCCTACGTTAAATGTTACTAATTTGTTGCTTTTGATCACAATAAGAAAACAATATGTCGCTTTTGTGCGCATTTTTCAGAAATGTAGATATTTTTAGATTATGGCTACGAAATGAGCATCGCCATGTCACCCTACATCTCATAAGAGGATCGCTTCTGATGAATGCACTGACCGCCGTACAAAATAACGCTGTCGATTCAGGCCAGGACTATAGCGGATTCACCCTCACCCCGTCGGCGCAATCCCCGCGTCTGCTGGAACTCACCTTCACCGAACAGACGACCAAACAGTTTCTTGAGCAGGTTGCCGAGTGGCCCGTGCAGGCGCTGGAGTACAAATCGTTTCTGCGTTTTCGGGTAGCCAAAATTCTTGACGATCTATGTGCGAACCAGCTGCAACCATTGCTGTTGAAGACGTTGCTAAACCGCGCTGAAGGTGCGTTGTTGATCAATGCGGTGGGTGTCGATGATGTGAAGCAAGCGGATGAGATGGTGAAGC > NC_000913/2788736‑2789324 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |