| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 320,156 | T→C | intergenic (‑155/‑71) | rclA ← / → rclR | cupric reductase RclA/DNA‑binding transcriptional activator RclR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 320,156 | 0 | T | C | 99.4% | 657.7 / NA | 166 | intergenic (‑155/‑71) | rclA/rclR | cupric reductase RclA/DNA‑binding transcriptional activator RclR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base C (77/88); total (78/88) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.70e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GCCGATATTAATACAGGTCCCGCCATACATTGCATTTGATTGTTCGATGAGAGCCACTCGCCAACCTGCTTTTGCCAGCGTGACGGCTAATGTTTTTCCAGCCTTGCCAAAACCAATAATCACTGCCTGATATTTATTCATGATGATTTCCTGTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATTTGATGGTATTAGATTAGTTATTTACTAAGATTGTTGGTGTTTGTAATCAAAAACCACTCAGGAGTCTGATATGGATGCCCTTAGCCGTTTGTTGATGCTTAACGCTCCACAAGGAACGATCGATAAGAATTGCGTGTTAGGAAGTGACTGGCAGCTTCCACATGGTGCCGGGGAATTATCGGTTATTCGTTGGCATGCGTTAACGCAAGGAGCGGCGAAGCTGGAAATGCCGACGGGGGAGATTTTTACATTACGCCCGGGAAATGTGGTCCTGCTACCACAAAATTCAGCTCAT > NC_000913/319861‑320451 | gCCGATATTAATACAGGTCCCGCCATACATTGCATTTGATTGTTCGATGAGAGCCACTCGCCAACCTGCTTTTGCCAGCGTGGCGGCTAATGTTTTTCCAGCCTTGCCAAAACCAATAATCACTGCCTGATATTTATTCATGATGATTTCCTGTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATCTGAt < 2:110789/300‑1 (MQ=255) tatTAATACAGGTCCCGCCATACATTGCATTTGATTGTTCGATGAGAGCCACTCGCCAACCTGCTTTTGCCAGCGTGACGGCTAATGTTTTTCCAGCCTTGCCAAAACCAATAATCACTGCCTGATATTTATTCATGATGATTTCCTGTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATCTGATGGTat > 2:552676/1‑300 (MQ=255) tatTAATACAGGTCCAGCCATACATTGCATTTGATTGTTCGATGAGAGCCACTCGCCAACCTGCTTTTGCCAGCGTGACGGCTAATGTTTTTCCAGCCTTGCCAAAACCAATAATCACTGCCTGATATTTATTCATGATGATTTCCTGTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCAAAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATCTGATGGTat > 2:378392/1‑300 (MQ=255) aTACAGGTCCCGCCATACATTGCATTTGATTGTTCGATGAGAGCCACTCGCCAACCTGCTTTTGCCAGCGTGACGGCTAATGTTTTTCCAGCCTTGCCAAAACCAATAATCACTGCCTGATATTTATTCATGATGATTTCCTGTCGAAACGCGTTCATTTGACATCATGACTATAGACGCAAAAGAGCAAATAACATTTCTTCACAACGCTTGATATTTTGTCTTATCGTCTGATATTTTCTTTTTCTTAATCAGAATCACAAAACAAAAATCATGATTAACTATCTGATGGTattagat < 1:270145/300‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |