Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 1,112,653 | C→G | Y597* (TAC→TAG) | opgH → | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,112,653 | 0 | C | G | 99.0% | 373.6 / NA | 98 | Y597* (TAC→TAG) | opgH | osmoregulated periplasmic glucans biosynthesis protein H |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base G (48/49); minor base A (0/1); total (48/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
CGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGAACCGCAATACTTCCTGCAACCACGGCAGTTGTTCCCAGTGTGGCCGCAGTGGCGTCCTGAGCTGGCGATTGCACTTTTTGCTTCGACCATGGTGCTGTTGTTCCTGCCGAAGTTATTGAGCATTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATCCTGTCACCG > NC_000913/1112357‑1112947 | cGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGTGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGAACCGCAATACTTCCTGCAACCACGGCAGTTGTTCCCAGTGTGGCCGCAGTGGCGTCCTGAGCTGGCGATTGCACTTTTTGCTTCGACCATGGTGCTGTTGTTCCTGCCGAAGTTATTGAGCATTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATAgggc > 2:377169/1‑300 (MQ=255) 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tGGTGCAAAGGAACGAAAGAATAGGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGtcttc < 1:109807/300‑1 (MQ=255) gTGCAAAGGAACGAAAGAATAGGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTtctc > 2:924226/1‑300 (MQ=255) cGAAAGAATAGGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAATGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATCCTGt > 2:290493/1‑300 (MQ=255) 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CGTCTGTTCCTGGTGAAGGGTATGCACCCGGTTCACCGTGCGGTGTTCCTGACGGGCGTGATGTCTTATCTCTCCGCTCCGCTGTGGTTTATGTTCCTCGCGCTCTCTACTGCATTGCAGGTAGTGCATGCGTTGACCGAACCGCAATACTTCCTGCAACCACGGCAGTTGTTCCCAGTGTGGCCGCAGTGGCGTCCTGAGCTGGCGATTGCACTTTTTGCTTCGACCATGGTGCTGTTGTTCCTGCCGAAGTTATTGAGCATTTTGCTTATCTGGTGCAAAGGAACGAAAGAATACGGCGGCTTCTGGCGCGTTACATTATCGTTGCTGCTGGAAGTGCTTTTTTCCGTGCTGCTGGCTCCGGTACGCATGCTGTTCCATACGGTCTTCGTTGTCAGCGCGTTCCTTGGCTGGGAAGTGGTGTGGAATTCACCGCAGCGTGATGATGACTCCACTTCCTGGGGTGAAGCGTTCAAACGCCACGGCTCACAGCTGCTGTTAGGGTTAGTGTGGGCTGTTGGGATGGCGTGGCTGGATCTGCGTTTCCTGTTCTGGCTGGCACCGATTGTCTTCTCGTTGATCCTGTCACCG > NC_000913/1112357‑1112947 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |