| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (43/54); new base A (38/0); total (81/54) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.69e-11 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 135 total aligned reads displayed.
AGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTC > NC_000913/147518‑148097 | cgcgACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGTTCACGCTGATCGACGAAGGGTACNCTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCCAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCagag < 2:706870/300‑1 (MQ=255) 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cttctGAGTAAAGGAATGTCTAGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTAAGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGgcgc > 2:179591/1‑300 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGCCGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAATTACCTGTGTTCTGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCAAGGCGGCTACCAGACTTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGACACTTCCAGCAATGTGTAGGCATCGCGAATCTGAACATCATCGGCGCGGAAg > 2:146925/1‑300 (MQ=255) gAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAg > 1:878892/1‑300 (MQ=255) | AGCGCGACTTAATGTTATTGCTTGAGCAACTGGTCACGCTGATCGACGAAGGGTACACTAGCGGAAGTCAGTTAGTTGCCATGCAAAACTATATGCTGCAACGCGGTCATACTGAACAAGCGGATTTGTTTTACGGTGTGTTGAGAGACAGGGAAACGGGAGGGGAGTCTATGATGACGCTGGCGCAGTGGTTTGAAGAGAAAGGGATTGAGAAGGGGATTCAGCAGGGAAGACAGGAAGTAAGTCAGGAATTCGCCCAGCGTCTTCTGAGTAAAGGAATGTCTCGGGAAGACGTTGCAGAGATGGCAAATTTACCTCTTGCTGAGATTGATAAGGTAATTAACCTTATTTAAGTTACCTGTGTTATGACAGATGACGTGGGGTAAATTAATAACTGGCGCCATCAGCCGTAGCGCCAGTTAAGTATTACGCCAGCTCGACCATTTTGTTGTCGATCAGGCGAGCATCGCCAAGCCAGGCGGCTACCAGAATTACTGCCCGTTTGCTGGTTTCAGAAACTTCCAGCAATGTGTCGGCATCGCGAATCTGAATATCATCGGCGCGGAAGCCTTTTTCATTC > NC_000913/147518‑148097 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |