Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 1,776,715 | A→T | S377C (AGT→TGT) | ydiF → | putative acetate‑CoA transferase YdiF |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 1,776,715 | 0 | A | T | 99.2% | 435.9 / NA | 120 | S377C (AGT→TGT) | ydiF | putative acetate‑CoA transferase YdiF |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (64/55); minor base G (0/1); total (64/56) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.67e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 121 total aligned reads displayed.
GTACCAAACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGAGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTCAATGGTAAAATCATGGGCACCGGTGGATTTATTGATATCAGTGCCACTTCGAAGAAAATCATTTTCTGCGGCACATTAACTGCGGGCAGTTTAAAAACAGAAATTACCGACGGCAAATTAAATATCGTCCAGGAAGGACGGGTGAAGAAATTTATTCGGGAACTACCGGAAATTACTTTCAGCGGAAAAATCGCTCTCGAGCGAGGGCTGGATGTTCGTTATATCACTGAGCGCGCAGTATTCACGC > NC_000913/1776419‑1777009 | gTACCAAACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCC‑AGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGttt > 1:406023/1‑300 (MQ=255) aCTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGa > 2:395196/1‑300 (MQ=255) ttAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCTGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCTAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAg < 1:135368/300‑1 (MQ=255) ccccTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAg > 1:811627/1‑300 (MQ=255) ccccTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCAGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGCAGTCGACCAg > 2:349622/1‑300 (MQ=255) cccatAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCACGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAg > 2:352611/5‑300 (MQ=255) cccTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGCAGTCGACCAGc > 2:192972/1‑300 (MQ=255) 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aTTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGt < 1:379363/300‑1 (MQ=255) cggcgcgCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGTTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTc < 1:891429/300‑1 (MQ=255) cggcgcgCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGTGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTc < 1:78682/300‑1 (MQ=255) 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GTACCAAACTTAGCCTGCCCCTAAACCAACGTAAATTAGTTGCGCGGCGCGCATTATTCGAAATGCGTAAAGGCGCGGTGGGGAATGTCGGCGTCGGTATTGCTGACGGCATTGGCCTGGTCGCCCGAGAAGAAGGTTGTGCTGATGACTTTATTCTGACGGTAGAAACAGGTCCGATTGGCGGAATTACTTCACAGGGGATCGCCTTTGGCGCGAACGTGAATACCCGTGCCATTCTGGATATGACGTCCCAGTTTGATTTTTATCACGGTGGCGGTCTGGATGTTTGTTATTTGAGTTTTGCTGAAGTCGACCAGCACGGTAACGTCGGCGTGCATAAATTCAATGGTAAAATCATGGGCACCGGTGGATTTATTGATATCAGTGCCACTTCGAAGAAAATCATTTTCTGCGGCACATTAACTGCGGGCAGTTTAAAAACAGAAATTACCGACGGCAAATTAAATATCGTCCAGGAAGGACGGGTGAAGAAATTTATTCGGGAACTACCGGAAATTACTTTCAGCGGAAAAATCGCTCTCGAGCGAGGGCTGGATGTTCGTTATATCACTGAGCGCGCAGTATTCACGC > NC_000913/1776419‑1777009 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |