| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | = 2997691 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region | |||||
Only 100 of 231 total aligned reads displayed.
GCCTGGTTCAGCTTCATCATGGATATCCGTAAGGCCCGGCAGTTCGACGTCTACGTCAATGACCAGAAAGTTGGATCGTTTAACCCTGATGTTCGGAATGCACAAAAGGTCCTGCCAACATTAGCGGACTGCACTAACGACTGACGGCTGCGCCTTCCCTACCATAACAACCCTGATTGCCTCCGGCGGTCGGGGGTTTCTTTTTTCTCCTTAATCTCCAGAGGTAGGCCACGTACTTTCGAACGATGAGCGCAGTGGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTAAAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAAGTTTAATCAGTTCATCACGGGTCGGTGGCATATCGAGATAATTAATTATTGTCG > NC_000913/2771472‑2772069 | gCCTGGTTCAGCTTCATCATGGATATCCGTAAGGCCCGGCAGTTCGACGTCTACGTCAATGACCAGAAAGTTGGATCGTTTAACCCTGATGTTCGGAATGCACAAAAGGTCCTGCCAACATTAGCGGACTGCACTAACGACTGACGGCTGCGCCTTCCCTACCATAACAACCCTGATTGCCTCCGGCGGTCGGGGGTTTCTTTTTTCTCCTTAATCTCCAGAGGTAGGCCACGTACTTTCGAACGATGAGCGCAGTGGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGc > 1:560913/1‑300 (MQ=255) 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atGGATATCCGTAAGGCCCGGCAGTTCGACGTCTACGTCAATGACCAGAAAGTTGGATCGTTTAACCCTGATGTTCGGAATGCACAAAAGGTCCTGCCAACATTAGCGGACTGCACTAACGACTGACGGCTGCGCCTTCCCTACCATAACAACCCTGATTGCCTCCGGCGGTCGGGGGTTTCTTTTTTCTCCTTAATCTCCAGAGGTAGGCCACGTACTTTCGAACGATGAGCGCAGTGGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGc < 1:28257/300‑1 (MQ=255) ggcggcgacagcagtaatacttccttcctggtattgcttacgccagagaaataactggctggctgctacaccatgttgccgggcaacgagggagaccgtcatccccggttcaaagctctgctgaacaattgcgatcttttcctgtgtggtacgccgtctgcgtttctccggccctaagacatcaatcatctgttctccaatgactagtctaaaaactagtattaagactatcacttatttaagtgatattggttgtctggagattcagggggccagtctaCTCCGCTGTGAGCGCAGGCt > 1:226098‑M1/281‑300 (MQ=255) tatCCGTAAGGCCCGGCAGTTCGACGTCTACGTCAATGACCAGAAAGTTGGATCGTTTAACCCTGATGTTCGGAATGCACAAAAGGTCCTGCCAACATTAGCGGACTGCACTAACGACTGACGGCTGCGCCTTCCCTAACATAACAACCCTGATTGCCTCCGGCGGTCGGGGGTTTCTTTTTTCTCCTTAATCTACAGAGGTAGGCCACGTACTTTCGAACGATGAGCGCAGTGGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGtggatttgcccctatattt > 2:320411‑M1/1‑281 (MQ=255) 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tatTTANCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGtggatttgcccctatatttccagacntctgttatcacttaacccattacaagcccgctgccgcagatattcccgtggcgagcgataacccagcgcactatgcggatgccattcgttataatgctcgaacgcctctgcaaggttctttgctgccgttaacccgtctggtttgggcatgatactgatgtagtcacgctttatcgttttcacgaagctctctgctattccgttactctccggactccgcaccgccgtgttcttcggttcaagtc < 2:745721‑M1/300‑272 (MQ=255) tttATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTACAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAAGTTTAATCAGTTCATCACGGGTCGGTGGCatat < 1:744484/300‑1 (MQ=255) ggagattcagtgggccagtctaCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATTAGACGGACTAACTTTTTCATTAAAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACACGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAAGTTTAATCAGTTCATCACGGGTCGGTGGCatat > 2:194032‑M1/23‑300 (MQ=255) gCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTACAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCACTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGCAATAAGTTTAATCAGTTCATCAAGGGTCGGTGGCATATCGAGATaattaatt > 2:527563/1‑300 (MQ=255) agtctaCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTAAAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAAGTTTAATCAGTTCATCACGGGTCGGTGGCATATCGAGATAATTAattat < 1:33052‑M1/294‑1 (MQ=255) agtctaCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTAAAANTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCNGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAATTTTAATCAGTTCATCAAGGGTCGGTGGCATATCGAGATAATTAattat < 2:714588‑M1/294‑1 (MQ=255) | GCCTGGTTCAGCTTCATCATGGATATCCGTAAGGCCCGGCAGTTCGACGTCTACGTCAATGACCAGAAAGTTGGATCGTTTAACCCTGATGTTCGGAATGCACAAAAGGTCCTGCCAACATTAGCGGACTGCACTAACGACTGACGGCTGCGCCTTCCCTACCATAACAACCCTGATTGCCTCCGGCGGTCGGGGGTTTCTTTTTTCTCCTTAATCTCCAGAGGTAGGCCACGTACTTTCGAACGATGAGCGCAGTGGTCAGTTTTTTTCAGATATATTTATCTTTTTTTGGCTGTAAGCTCCGCTGTGAGCGCAGGCTGTGTTAAAACTCCTGATCACTTTTTGGTCTAAGCGATGGTTTCATATGATCAACCATTCTTGATAAACCCATGAGACGGACTAACTTTTTCATTAAAATTAAAAAGATATGAATGAATACTGCGGATATCAACATGGCCAATCACATTCAAGGACAAGGCAGGCATCAGGTGACATTGCTCCCTGATGCACTCGATGATTTTGTCACTGAAGATATCTGAAATAAGTTTAATCAGTTCATCACGGGTCGGTGGCATATCGAGATAATTAATTATTGTCG > NC_000913/2771472‑2772069 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |