| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,606,552 | G→A | intergenic (‑151/+117) | leuQ ← / ← rsmC | tRNA‑Leu/16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,606,552 | 0 | G | A | 99.0% | 342.5 / NA | 95 | intergenic (‑151/+117) | leuQ/rsmC | tRNA‑Leu/16S rRNA m(2)G1207 methyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (44/50); total (45/50) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.74e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CGTCTACCAATTCCGCCACCTTCGCCCAGTGCGAGCAATATCAACGTGGTTTTTGGTGCGAGGGGGGGGACTTGAACCCCCACGTCCGTAAGGACACTAACACCTGAAGCTAGCGCGTCTACCAATTCCGCCACCTTCGCATACCATCAATTCTTAAAAAGAATTGCTACCACGGAGGCGCATTCTAGTGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGGCAGATGCCAGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCTGGCCTACGAAGGGCTAACGTGCAGGTTTTGTAGGTCGGATAAGGCGTTCACGCCGCATCCGACACGGTATTCGGCGAGATAATTAACCTTTCTTCGCCTGGCGGGTCATAATGGCGCGATACACCTTGAAGCGCCCTGTTTGCGCGATCACTTCGTGGAAGCCAAATGTCTCATCCAGCACGTCCGGATAAGGCAGGAAGGCGTTCGCTACAATTCGCAGCTCGCCGCCGCTATTAAGATGACGCACCGCAC > NC_000913/4606262‑4606838 | cgTCTACCAATTCCGCCCCCTTCGCCCAGTGCGAGCAATATCAACGTGGTTTTTGGTGCGAGGGGGGGGACTTGAACCCCCACGTCCGTAAGGACACTAACACCTGACGCTCGCGCGTCTACCAATTCCGCCCCCTTCGCATACCATCAATTCTTAAAAAGAATTGCTAACACGGAGGCGCATTCTAGTGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCCGGTTTGGTATGCATGCGGGGAcagatgcca > 1:268903/1‑300 (MQ=255)cgTCTACCAATTCCGCCACCTTCGCCCAATGCGAGCAATATCAACGTGGTTTTTGGTGCGCGGAGGGGGACTTGACCCCCCACGTCCGTAAGGACACTACCCCCTGACGCTAGCGCGTCTACCAATTCCGCAAACTTCGCATACCATCAATTCTTAAAAAGAATTGCTACCACGGAGGCGAATTCTAGTGGTTCTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGAAAGAGGTGTAATTGCTAGAAAAATGTACATCAGGAAACTAGTGTGCAGGTTTGGTATACATGTGGGGGcaggtgcca > 1:268437/1‑300 (MQ=255) tACCAATTCCGCCACCTTCGCCCAGTGCGAGCAATATCAACGTGGTTTTTGGTGCGAGGGGGGGGACTTGAACCCCCACGTCCGTAAGGACACTAACACCTGAAGCTAGCGCGTCTACCAATTCCGCCACCTTCGCATACCATCAATTCTTAAAAAGAATTGCTACCACGGAGGCGCATTCTAGTGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAAAAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGCAGGTTTGGTATGCATGCGGGGAcagatgccagatg < 1:477541/300‑1 (MQ=255) ccTTCGCCCAGTGCGAGCAATATCAACGTGGTTTTTGGTGCGAGGGGGGGGACTTGAACCCCCACGTCCGTAAGGACACTAACACCTGCAGCTAGCGCGTCTACCAATTCCGCCACCTTCGCATACCATCAATTCTTAAAAAGAATTGCTAACACGGAGGCGCATTCTAGTGGTTTTCAGCTTTTCGTCAATAGTTAATTATCGACAGAGGTGTAATTGCTGGAACAATGTCCATCAGGAAACTAGCGTGTAGGTTTGGTATGCATGCGGGGACAGCTGCCAGATGCGACGCTGGCGCGt > 2:100156/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
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Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |