| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,449,271 | G→A | P128S (CCT→TCT) | ppa ← | inorganic pyrophosphatase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,449,271 | 0 | G | A | 99.0% | 356.9 / NA | 99 | P128S (CCT→TCT) | ppa | inorganic pyrophosphatase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base A (35/63); total (35/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
GTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTCCCAACCTTCAACTTTCACCCACTTGCCTTTTTCGAGGTCTTTGTAGTGCTCGAAGAAGTGAGCGATTTGCGCTTTCAGCAGTTCAGGCAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAGTGCGCCGCTCTCTTTGTCGATTTCGTATT > NC_000913/4448981‑4449564 | gTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTCCCAACCTTCAACTTTCACCCACTTGCCTTTTTCGAGGTCTTTGTAGTGCTCGAAGAAGTGAGCGATTTGCGCTTTCAGCAGTTCAGACAGATCGtt > 1:102918/1‑300 (MQ=255) 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gaagaaGTGAGCGATTTGTGCTTTCAGCAGTTCAGACAGATCGTTAAAGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAAATAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCCGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAAACGGGTCAACGTCCAGAGACAGGGCGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAg > 2:2450/1‑300 (MQ=255) gaagaaGTGAGCGATTTGCGCTTTCAGCAGTTCAGACAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAg > 2:2400/1‑300 (MQ=255) gAGCGATTTGCGCTTTCAGCAGTTCAGACAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCNGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAGTGcgccgc < 1:534198/300‑1 (MQ=255) agTTCAGACAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAGTGCGCCGCTCTCTTTGTCGATTTCGTAt > 1:487145/1‑300 (MQ=255) gTTCAGACAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAGTGCGCCGCTCTCTTTGTCGATTTCGTAtt > 2:715733/1‑300 (MQ=255) | GTCTGGCTGCGGATGAGGTGGTGGAAGAGGCGTTATTACGCTTGCAGGCGGTGGTGGAATAAGGTGTGTTTATTTATCGCGGGCATAAAAAAACCCTTACTAACCGAAGCCCGGCGTTCAGGGTTATTACGCCAGAAGAACTTATTTATTCTTTGCGCGCTCGAAGGAGGCAACGATTTCAGCTTTAGCGGCTTCTGCGTTTTCCCAACCTTCAACTTTCACCCACTTGCCTTTTTCGAGGTCTTTGTAGTGCTCGAAGAAGTGAGCGATTTGCGCTTTCAGCAGTTCAGGCAGATCGTTAACGTCTTTAATGTGATCGTATTCTTTGCTCAGCTTGCTGTGCGGAACCGCAACCAGTTTCGCATCTTCACCGGCTTCGTCGGTCATTTTCAGAACGCCAACCGGACGGCAACGGATCACAGAACCCGGCTGCAGCGGGTACGGAGTTGGGACCAGTACGTCAACCGGGTCACCGTCCAGAGACAGGGTGTGGTTGATGTAACCGTAGTTGCATGGATAGAACATCGCGGTGGACATGAAGCGGTCAACGAACAGTGCGCCGCTCTCTTTGTCGATTTCGTATT > NC_000913/4448981‑4449564 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |