| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 89,263 | A→G | intergenic (+231/‑371) | cra → / → mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 89,263 | 0 | A | G | 99.3% | 523.6 / ‑5.9 | 144 | intergenic (+231/‑371) | cra/mraZ | DNA‑binding transcriptional dual regulator Cra/DNA‑binding transcriptional repressor MraZ |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/1); new base G (80/63); total (80/64) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.44e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
GGTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGACTGGACATCAATATGCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAATGCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCGGCGATGAATTGCCGATTTAACAAACACTTTTCTTTGCTTTTGCGCAAACCCGCTGGCATCAAGCGCCACACAGACGTAACAAGGACTGTTAACCGGGGAAGATATGTCCTAAAATGCCGCTCGCGTCGCAAACTGACACTTTATATTTGCTGTGGAAAATAGTGAGTCATTTTAAAACGGTGATGACGATGAGGGATTTTTTCTTACAGCTATTCATAACGTTAATTTGCTTCGCACGTTGGACGTAAAATAAACAACGCTGATATTAGCCGTAAACATCGGGTTTTTTACCTCGGTATGCCTTGTGACTGGCTTGACA > NC_000913/88976‑89558 | ggTTTAACGCGCATTAAACGTAATCTCTATCGCCGCGGCGTGCTCAGCCGTAGCTAAGCCGCGAACAAAAATACGCGCCAGGTGAATTTCCCTCTGGCGCGTAGAGTACGGGAATGGACATCAATATCCTTAAAGTAAATAAGACTATTCCTGACTATTATTGATAAGTTCTTTTAAACCCGCCCGTTAATTAACTCACCAGCTGAAATTCACAATAATTAAGTGATATCGACAGCGCGTTTTTGCATTATTTTGTTACATGCAGAGATGAATTGCCGATTTAACAAGCACTTTTCTTTg > 2:573718/1‑300 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |