Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 2,053,308 | 0 | C | A | 28.4% | 269.3 / 10.5 | 134 | intergenic (+1294/‑335) | yeeJ/shiA | inverse autotransporter adhesin/shikimate:H(+) symporter |
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Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.88e-16 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Rejected as consensus: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATCTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTCAACAATGATGCTAAAAACATACCTAACCTCGCCTCCCTACTGGTTATAATGCAATGCAGTCTATCAGACTCATCAGGGTGCCATTTTGTGCATATGCGGACTTTTATGTTTCATATCTCTAACCTGTGGGTCCTCTGCTTAATCCTTAAACAACACCAGCAACTCCTGCGCTTTCATCTTCCATCGAATTTTTCATGTTGCCGCTAATCAGCCATAAAATCATTTGCAGATGCGCTCTGTCGAGGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACCTTTTCCAT > NC_000913/2053010‑2053607 | gCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATCTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTca > 1:705113/1‑300 (MQ=255) 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aTGCAATACGTCTAAACAATGATGCTAAAAACATACCTAACCTCGCCTCCCTACTGGTTATAATGCAATGCAGTCTATCAGACTCATCAGGGTGCCATTTTGTGCATATGCGGACTTTTATGTTTCATATCTCTAACCTGTGGGTCCTCTGCTTAATCCTTAAACAACACCAGCAACTCCTGCGCTTTCATCTTCCATCGAATTTTTCATGTTGCCGCTAATCAGCCATAAAATCATTTGCAGATGCGCTCTGTCGAGGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAg > 1:46902/1‑300 (MQ=255) cGTCTAAACAATGATGCTAAAAACATACCTAACCTCGCCTCCCTACTGGTTATAATGCAATGCAGTCTATCAGACTCATCAGGGTGCCATTTTGTGCATATGCGGACTTTTATGTTTCATATCTCTAACCTGTGGGTCCTCTGCTTAATCCTTAAACAACACCAGCAACTCCTGCGCTTTCATCTTCCATCGAATTTTTCATGTTGCCGCTAATCAGCCATAAAATCATTTGCAGATGCGCTCTGTCGAGGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACCttt > 1:657281/1‑300 (MQ=255) caacaaTGATGCTAAAAACATACCTAACCTCGCCTACCTACTGGTTATAATGCAATGCAGTCTATCAGACTCATCAGGGTGCCATTTTGTGCATATGCGGACTTTTATGTTTCATATCTCTAACCTGTGGGTCCTCTGCTTAATCCTTAAACAACACCAGCAACTCATGCGCTTTCATCTTCCATCGAATTTTTCATGTTGCCGCTAATCAGCCATAAAATCATTTGCAGATGCGCTCTGTCGAGGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACCTTTTCCAt > 2:61728/1‑300 (MQ=255) | GCTGTGTTATGTTCTTTGCTAAATCTTTTATTTCTTTTAATGTTGCGTGATCCTGCATAGTCATTGTGACTAATGTTAATTTAGTCTGTTCAAGTTTAAGCGCATTAAAGACTTCTAAATTAATTGTCGACGTTACAATTAAAAGATGCTTAATTTTATGCAATTCAAGCGCCCGAATAACAGGAAAGATGGCCATAGCATCGCCAATCTGATCGGGAATATGGATGACAACAAAGTCTGTTTTTTCAATATTGAAATTATAAGCTTTATAATCGTAGTAACTAAATGCAATACGTCTCAACAATGATGCTAAAAACATACCTAACCTCGCCTCCCTACTGGTTATAATGCAATGCAGTCTATCAGACTCATCAGGGTGCCATTTTGTGCATATGCGGACTTTTATGTTTCATATCTCTAACCTGTGGGTCCTCTGCTTAATCCTTAAACAACACCAGCAACTCCTGCGCTTTCATCTTCCATCGAATTTTTCATGTTGCCGCTAATCAGCCATAAAATCATTTGCAGATGCGCTCTGTCGAGGTAGTCTCATAAGGTTCGTTTATAGATCGACGGCAATGTGAGTTACCTTTTCCAT > NC_000913/2053010‑2053607 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |