| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_000913 | 3720633 = | NA (NA) | 34 (0.360) | 30/594 | 1.9 | 31.2% | noncoding (1/1443 nt) | IS150 | repeat region |
| ? | NC_000913 | 4548772 = | 75 (0.790) | coding (488/504 nt) | fimG | type 1 fimbriae minor subunit FimG | |||||
Only 100 of 146 total aligned reads displayed.
GCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCAGCGGGGCAGCCGACAGTACCGGATATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACAGGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGCGGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTG > NC_000913/4548474‑4549071 | tgattaagggacatgtgctgctcgatcacagctttcacgaccttaatacgcaactctggatcagcactaacgcctttaggtttgggaattaaacctttttctccatgtttttcatagagggcaacccatgtcctgacctgggttcgggggacaccaaaacgtgccgagatgatcctgtaaccatcatcagttgtgaagtagtgattcacgacttcaaggcgcttttcaaaagggtattttggctttgacatattaggggctattccatttcatcgtccaacaaaatgggtgcagtacacc < 1:438032‑M2/2‑1 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gCCTTGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCATCGGGGCAGCCGACAGTACCGGATATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACAGGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGCGGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATAcc < 2:6584/300‑1 (MQ=255) gCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCAGCGGGGCAGCCGACAGTACCGGATATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACAGGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGCGGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATAcc < 2:359231/300‑1 (MQ=255) gCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCAGCGGGGCAGCCGACAGTACCGGATATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACAGGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGCGGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATAcc < 1:451443/300‑1 (MQ=255) 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aCCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCgt > 1:224382/1‑300 (MQ=255) ccTAtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaaccgcatccttcagttcgcttatattactgaactcatcaagataaaaacactccgactttaaggttccaaagaaacactccaccacagcattatccagacaattgccttttctggacatgctttgtttaataccatgttctttaaggatattttgatatcttctaat < 1:377345‑M2/300‑297 (MQ=255) ccTAtgtactgaccccaaaaagttggacagttaaacacgaggcatataggtctgattccgatattcaattggagtcagaccttttaatttcaggctaattcttctgctgttgtagtattcaatatattccgtaacagcatccttcagttcgcttatattactgaactcatcaagataaaaacactccgactttaaggttccaaagaaacactccaccacagcattatccagacaattgccttttctggacatgctttgtttaataccatgttctttaaggatattttgatatcttctcat < 1:195675‑M2/300‑297 (MQ=255) | GCATCGGCCTGGCATGATGTTGCGCTTGAGTTGACTAATTGTCCGGTGGGAACGTCGAGGGTCACTGCCAGCTTCAGCGGGGCAGCCGACAGTACCGGATATTATAAAAACCAGGGGACCGCGCAAAACATCCAGTTAGAGCTACAGGATGACAGTGGCAACACATTGAATACTGGCGCAACCAAAACAGTTCAGGTGGATGATTCCTCACAATCAGCGCACTTCCCGTTACAGGTCAGAGCATTGACAGTAAATGGCGGAGCCACTCAGGGAACCATTCAGGCAGTGATTAGCATCACCTATACCTACAGCTGAACCCGAAGAGATGATTGTAATGAAACGAGTTATTACCCTGTTTGCTGTACTGCTGATGGGCTGGTCGGTAAATGCCTGGTCATTCGCCTGTAAAACCGCCAATGGTACCGCTATCCCTATTGGCGGTGGCAGCGCCAATGTTTATGTAAACCTTGCGCCCGTCGTGAATGTGGGGCAAAACCTGGTCGTGGATCTTTCGACGCAAATCTTTTGCCATAACGATTATCCGGAAACCATTACAGACTATGTCACACTGCAACGAGGCTCGGCTTATGGCGGCGTG > NC_000913/4548474‑4549071 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |