Predicted mutation | ||||||
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JC JC | NC_000913 | 2,319,850 | IS2 (+) +5 bp | coding (23‑27/2850 nt) | rcsC ← | histidine kinase RcsC |
New junction evidence | |||||||||||
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* | ? | NC_000913 | = 2319854 | 0 (0.000) | 83 (0.940) | 55/598 | 0.4 | 100% | coding (23/2850 nt) | rcsC | histidine kinase RcsC |
? | NC_000913 | = 2997691 | NA (NA) | noncoding (1/1331 nt) | IS2 | repeat region |
Only 100 of 125 total aligned reads displayed.
GAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAAAAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTC > NC_000913/2997396‑2997986 | gAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACt < 1:559141/300‑1 (MQ=11) aacCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCAGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCACCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTACGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGct > 2:293500/1‑300 (MQ=14) tcCGGCGGCGACAGCAGTAAGGCTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTGTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTttcttc < 1:254236/300‑1 (MQ=21) ggcgACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACANTTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATNTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGgtgt > 2:567802/1‑300 (MQ=37) 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ctgctACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTCAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTg > 2:205722/1‑300 (MQ=255) cacCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGt < 1:43608/300‑1 (MQ=255) cacCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACNAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGNGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGt < 2:486028/300‑1 (MQ=255) 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gTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGAGTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACNAAAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTc > 2:525389/1‑300 (MQ=255) gTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAAAAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTc > 1:122970/1‑300 (MQ=255) gTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAAAAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTc > 2:128931/1‑300 (MQ=255) | GAACAACCTGTTCTCCGGCGGCGACAGCAGTAAGACTTCCTTCCTGGTATTGCTTACGCCAGAGAAATAACTGGCTGGCTGCTACACCATGTTGCCGGGCAACGAGGGAGACCGTCATCCCCGGTTCAAAGCTCTGCTGAACAATTGCGATCTTTTCCTGTGTGGTACGCCGTCTGCGTTTCTCCGGCCCTAAGACATCAATCATCTGTTCTCCAATGACTAGTCTAAAAACTAGTATTAAGACTATCACTTATTTAAGTGATATTGGTTGTCTGGAGATTCAGGGGGCCAGTCTAAACTTGCTCTTTTCTTCTGGTGTTTATCTTTGAAAGATTTGTAGGATAAATAACATTAAGTAAAGCCGCATCGGCTTCTCTGTAATGTTTATCTTTTTCCAGATAACCTGGGGATTCTCCCCCTAAATCAAGCTGTAACGTTATTCTTTCATAACCTTTATCTATGAGGTGGTTCAACCTCGTTGTTGAAAGAGTTTCATCCAGTTCATTGACTTTAGCTTCGCGTAGTAAATCAGAGACAAAAACAGAGTCTTTCTTCGAGAGTAGGTTTGACAAACGTTCCAGTCCAGAGGTC > NC_000913/2997396‑2997986 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |