New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | 1411899 = | 114 (1.290) | 5 (0.060) | 5/546 | 7.7 | 4.0% | coding (50/936 nt) | ttcA | tRNA cytosine(32) 2‑sulfurtransferase TtcA |
? | NC_000913 | = 1434958 | 134 (1.660) | intergenic (‑552/+227) | ynaM/uspF | protein YnaM/universal stress protein F | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
CTGGAATCTTCTCTTTCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGATTACGGCGGCGAATACC > NC_000913/1411600‑1412194 | ctGGAATCTTCTCTTTCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAAtt < 1:307034/300‑1 (MQ=255) ctGGAATCTTCTCTTTCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCACGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAAtt > 2:18779/1‑300 (MQ=255) ctGGAATCTTCTCTTTCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTACAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAAtt > 2:227909/1‑300 (MQ=255) ttCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGTAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTAt < 1:629609/300‑1 (MQ=255) ttCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTAt < 1:475302/300‑1 (MQ=255) aTACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGNGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttct > 1:487617/1‑300 (MQ=255) aTACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttct > 1:36221/1‑300 (MQ=255) aCCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATACTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttcttt > 1:585589/1‑300 (MQ=255) cagTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAACTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCAGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCATTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCACTGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttctttc > 2:368628/3‑300 (MQ=255) cGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGttctttct > 2:48880/1‑300 (MQ=255) 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acgaggacttttttGTACTTTGTTCATGTTGTATTGCTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGTCGCGTATGGTACGGAtt < 2:22252/291‑1 (MQ=255) acgCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCGAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGAtt < 1:112482/300‑1 (MQ=255) cccAGACTTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTTTTCTTTCTCTTTAGTTTGTTGATTTTCTTACATTATTTCAGTTCCCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGACAACCACGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCAGGTCATCAATCCCCAGACCGTAAATTTCATGCACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGagta < 2:216578/298‑4 (MQ=255) ataCGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTGTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACGAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGATTAcgg < 1:372017/298‑1 (MQ=255) aGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTTTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGATTAcgg < 1:77417/300‑1 (MQ=255) gACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGATTAcggc < 1:170198/300‑1 (MQ=255) | CTGGAATCTTCTCTTTCACGATACCGTAAGTATTCTCTTCAACAATCTTGTACTCAACGCCCAGCTTTTCAAGATACTCGGGCAGAACGTGTTCCGGGAAGCCCGGTTGCTTTTGATCGAGGTTAACAGCCACCAGCGAAAAATTGATTGGCGCGCTTTGCTGCAAATTGCGCAGAATCTCCAGCATGGTATAGCTGTCTTTACCCCCGGAGAGGCAAACCATGATGCGATCGCCTTCTTCAATCATATTGAAGTCAGCAATGGCTTCGCCCACGTTACGACGCAGACGTTTTTGTAATTTGTTCAGGTTGTATTGTTCTTTCTTTGTAATTTGTTGATTTTCTTGCATTATTTCAGTTCTCTGGTACTAAATGGGGCAAATTGGGGGCAAACTTTGCAACTACGATAACCGCGCATTCAACATGGCTATCTGTTCGTCGTTCATGTCATCAATCCACATACCGTAAATTTCATACACCATCTGCGCAGTTTCATGCCCCATTTGGCTGGCTATAAATGCCGGGTTCGCTCCTGCCGTCAACAGCCAGCAGGCAAAAGTATGCCGCGTATGGTACGGATTACGGCGGCGAATACC > NC_000913/1411600‑1412194 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |