New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | NC_000913 | = 1287123 | 78 (0.720) | 8 (0.080) | 7/580 | 8.1 | 9.4% | noncoding (114/171 nt) coding (54/90 nt) |
rttR tpr |
small RNA RttR protamine‑like protein |
? | NC_000913 | 1287421 = | 79 (0.750) | intergenic (‑93/+117) | tyrV/tyrT | tRNA‑Tyr/tRNA‑Tyr | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
GGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCAGGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATTCGTCGCTTCGCTCCTCACCCTTCGGGCCGTTGCC > NC_000913/1286833‑1287418 | gggCAGAATATTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGTTGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGNCTGCTGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGc < 1:594964/300‑1 (MQ=255) atatTTGATTGCGGATTCGTTTGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGAAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGCGTTTAGGGGCTTTTGAACGTGGTGGTGGTGGG‑GGAAGGATTCATCAGCTCTGCGTGCTCCGCAATTAGGGTCGTTGCCTGCGGCCACGCTCTCTCg > 2:243969/1‑300 (MQ=17) ttGAGAATTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCt < 1:558992/300‑1 (MQ=255) tggtgttttggAAAGTGATGGTGGGGGGGGAAGGATTACCCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTGCTGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCGCGCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGANTATTTGATTGCGGATTCGCTTT‑AGAGNTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTTGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGc < 2:581852/290‑1 (MQ=17) cggtgCTTTTGAAATTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGc < 1:290622/296‑1 (MQ=255) attgtgttgttgtaatgATTACTCAGCGCTGCGCTCTTCGCCCCTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCCCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCTAAGCTTCGCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAAGACTTGATTGCGGATTCGCGTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAATTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGc < 1:263171/284‑1 (MQ=17) tattgtggttggAAGGATTGCTCACCGCTTCGTGCTTCGTCCTGCGGTGCGTTGCTTGCGGCGGCGCGATCTGGCTGATGTGCGAGCCGAACTTTGGGCGAAGCTTATCACCATTACCCGCGTGGGCAGAATGCGGGATTGCGGATGCGCCGC‑AGAGTTCAGGGACTTGGGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCa < 2:748847/290‑1 (MQ=9) gtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAACCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGACTATTTGATTGCGGATTCGCTTA‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTAATCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGATCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATg > 1:47129/1‑300 (MQ=255) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCTTGGCCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCCGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTAATCCTTCCCCGCATGGGCAg > 1:313674/1‑300 (MQ=11) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAg > 1:540506/1‑300 (MQ=255) ggATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGGAGAATATTTGATTGCGGATTTGCTTG‑AGAGTTCAGGGATTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCNCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGTTCTCTCGCTCTCGCTCGAATCGAACCTTCTTCGAAGGTTCTCCCCCTTcccagatgagcgcaaactttc > 1:601667/1‑282 (MQ=14) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATGTTTGCTTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGACGGATTACTCAGCGCTGCGCGCCTCGCCCTTAGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGAATGGGTAGAATATTTAATTg > 1:573781/1‑300 (MQ=255) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTCCTCAGCGCTACGCGCCTAGCACTTCGGGTCGTTGCCTACGGCAACGATCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCACGAATGGGGAGAATATTTAATTg > 2:326234/1‑300 (MQ=17) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGTGCTTCACCCTTCGTGTCGTTTCCTTCGACCCCGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGACGCTTCTCATCCTTCCACACCTGGGCAGAAGGTTTAATTg > 1:399378/1‑300 (MQ=17) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTg > 1:227084/1‑300 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGTGGAt > 1:273331/1‑300 (MQ=255) gcgcTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCACGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTAATCATCGCTGCGCGCTTCGCCCCTCAGGTCGCTGCCTGCGGCAACGCCCTCTCGCTGACGCTCGAGTAGAACCTTGGTCGAAGCTTCTAGTCCTTCCCCGAATGGGCAGGATATTTACTTGCGGAt > 2:49334/1‑300 (MQ=14) cgcgcTTCGCCCTTCGTGTCGTGGCTTGCGGCAACGCTCTCGCGTTGACGCTCGAGTCGAACCTTAGTAGAAGCTTCTCATCTTTCCACGCGTGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GTAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑g < 2:233058/300‑1 (MQ=14) tCGGGTCGTGGCCTGAGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGGCGAAGCTTCTCACCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATGGGATTGCGGATTCGCGTG‑AGAGTTCAGGGACTTGTGGAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGa < 1:470596/300‑1 (MQ=17) 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tctctcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTGGATTGCGGATTCGCTGG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTgggg < 1:861721/300‑1 (MQ=255) tcGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCCGCGCTGCGCGCCTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGATGGCACTCGAGTCGAACCTTGGTCGCAGCTTCTCATCCTTACCCGCATGGGAAGAATATTTCATTGCGTAGTCATT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGCGGTGGGGGAAg > 2:561781/1‑300 (MQ=17) gCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGANTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGa > 1:622976/1‑300 (MQ=255) 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aaCCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGTCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGt < 1:320371/300‑1 (MQ=255) ccTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCg > 1:435788/1‑300 (MQ=255) cTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTG‑AGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGG‑GGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGATGGCGCCCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCAGCATGGGAAGAATATTTAATTGCGGATTCGTT‑GGGACGTTCCGGGGCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGGAGGATTCGAACCTTAGAAGTCGATAACGGCAGac > 2:799338/1‑299 (MQ=17) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |